<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><DIV><FONT face=Verdana><FONT size=2>Hello everybody:</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I have read&nbsp;GROMACS' manual and found that the non-bond interaction in GROAMCS is describled as Coulomb term add A/r^12 -B/r^6 which is named Lennard-Jones term, but recently I have read some papers which use a effective-two-body potential to describle the non-bond interaction in the GROAMCS MD simulation, and this potential works much better in dealing with transition metal ion-water system, in this potential, non-bond interaction&nbsp;between&nbsp;ion and&nbsp;O atom in water molecular is&nbsp;describled as follow:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; V(r)=A/r^4+B/r^6+C/r^8+D/r^12+E*exp(-F*r)+coulomb term;&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>where the A,B,C,D,E and F&nbsp;are parameters which can be obtained by fitting the potential energy surface calculated from Ab initio method. r is the distance between the ion and O atom in water molecular, the interaction between the ion and H atom in water molecular has the similar form.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; So my question is how to modify the GROAMCS in order to simulate dynamic course by using this new potential instead of the default L-J interaction. I have tried to find the solution in internet, but so far I still have no idea on this problem, can anybody help me on this problem, I will be very, very grateful for your help.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My&nbsp;English&nbsp;is&nbsp;not&nbsp;good,&nbsp;please&nbsp;forgive&nbsp;my&nbsp;awkward&nbsp;expression. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Best Wishes!</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ye Qing</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Verdana size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 09.09.15</FONT></DIV></td></tr></table><br>


      <hr size=1><a href="http://cn.rd.yahoo.com/mail_cn/tagline/card/*http://card.mail.cn.yahoo.com/">  好玩贺卡等你发，邮箱贺卡全新上线！</a>