<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Equipartitioning only works per degree of freedom, not per atom.<br><br>It works for translation and rotation of a water molecule,<br>but that requires a transformation from atomic to COM trans and rot<br>coordinates.<br><br>The standard Ekin in Gromacs determines translational kinetic energy.<br>Of the three rotational degrees of freedom of the water molecule<br>one can put one in the plane of the water molecule and two out of plane.<br>The one in plane give a "translational atomic" component in plane,<br>whereas the two out of plane rotations give 2 "translational atomic" components<br>in the out of plane direction.<br>Again, this does not violate equipartitioning.<br>Equipartitioning is per degree of freedom.<br>If the dof's you constrain happen to be ordered at an interface,<br>you remove more (or less) degrees of freedom in on direction than in another.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 15 Sep 2009 12:00:23 +0200<br>&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] non isotropic kinetic energy<br>&gt; <br>&gt; Hi<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Have you tested the equipartitioning per atom? This must be correct.<br>&gt; We have done per atom (here of course only ekin is available). Here the<br>&gt; average ekin parallel to the interface deviates from the ekin<br>&gt; perpendicular to the interface (this is the data in the zip file of the<br>&gt; old mail).<br>&gt; <br>&gt; You could use quaternions to do water as rigid body or eule angles or<br>&gt; some other scheme of your choide, there are many.<br>&gt; Generally, the EOM of any rigid body can be completely described using<br>&gt; this view (COM motion+rotation around COM), afaik.<br>&gt; So we analyzed the rotation around COM and the translational velocity of<br>&gt; the COM of each water molecule<br>&gt; (in addition to the per atom calcs). Here the rotational energy is not<br>&gt; equidistributed (translational is) for interfacial systems.<br>&gt; The com motion+rotation describtion is a physically valid describtion of<br>&gt; this kind of system.<br>&gt; If the constraints are not equivalent then this would be a real problem.<br>&gt; <br>&gt; Unless of course, there is some error in my reasoning :)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; To make water move as a rigid body one would probably need to<br>&gt; &gt; determine the force and torque on the center of mass and use that to<br>&gt; &gt; integrate the equations of motion. A quaternion description of rigid<br>&gt; &gt; water would do this I presume. Did you analyze the EkRot around the<br>&gt; &gt; center of mass of the molecule?<br>&gt; &gt; Whether or not a quaternion is equivalent to a constrained atomic<br>&gt; &gt; system I do not know, but Berk's answer below seems to indicate it is<br>&gt; &gt; not.<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; Alex<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>