<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Yes, we can agree that they are rigid bodies.<br><br>I would say that you should get equipartitioning of rotational<br>degrees of freedom.<br>g_traj can compute rotational kinetic energies.<br>For you whole system you would have to make each water<br>an index group, select each water in g_traj and add all number up.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 15 Sep 2009 12:57:59 +0200<br>&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] non isotropic kinetic energy<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; Equipartitioning only works per degree of freedom, not per atom.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; It works for translation and rotation of a water molecule,<br>&gt; &gt; but that requires a transformation from atomic to COM trans and rot<br>&gt; &gt; coordinates.<br>&gt; <br>&gt; Agreed. As said, we have performed this transfomation using another self<br>&gt; made tool.<br>&gt; Still, after this transformation rotational energy is not equidistributed.<br>&gt; <br>&gt; Can we agree that using constraints or a rigid body approach (so maybe<br>&gt; using quaternions) should<br>&gt; give the same physics (so the same equipartition rules should apply to<br>&gt; both systems)?<br>&gt; Or if we cannot agree on this, what kind of physical objects are<br>&gt; constraint waters if not rigid bodies?<br>&gt; <br>&gt; Alex<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>