Hi. Can someone please help me.<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I am new to Gromacs. I have a 20mer DNA duplex I want to do some MD on. I start by making a topology file form the pdb file. When I run pdb2gmx and the amber99 force field I get this fatal error:<div>
&#39;Atom 02 in residue DT 3 not found in rtp entry with 32 atoms while sorting atoms&#39;</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Here is the portion of the pdb file containing the atom in question:</div>
<div><div>ATOM     37  C4   DA A   2       2.705  -1.868   3.118  1.00  0.00           </div><div>ATOM     38  C3&#39;  DA A   2       6.858  -4.420   2.715  1.00  0.00           </div><div>ATOM     39  C2&#39;  DA A   2       5.664  -4.141   3.627  1.00  0.00           </div>
<div>ATOM     40  O3&#39;  DA A   2       7.933  -3.562   3.073  1.00  0.00           </div><div>ATOM     41  P     DT A   3       8.308  -3.390   4.619  1.00  0.00           </div><div><span class="Apple-style-span" style="font-weight: bold;">ATOM     42  O1P DT A   3       9.773  -3.228   4.760  1.00  0.00</span>           </div>
<div>ATOM     43  O2P DT A   3       7.705  -4.493   5.401  1.00  0.00           </div><div>ATOM     44  O5&#39;   DT A   3       7.575  -2.013   4.972  1.00  0.00           </div><div>ATOM     45  C5&#39;   DT A   3       7.588  -0.948   4.004  1.00  0.00     </div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Where atom 02 must be O1P in DT 3</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Here is the portion of the amber99 .rtf file for the DT nucleotide:</div><div>
<div>[ DT ]</div><div> [ atoms ]</div><div>     P    amber99_46    1.16590     1</div><div>   O1P    amber99_45   -0.77610     2</div><div>   O2P    amber99_45   -0.77610     3</div><div>   O5&#39;    amber99_44   -0.49540     4</div>
<div>   C5&#39;    amber99_11   -0.00690     5</div><div>  H5&#39;1    amber99_19    0.07540     6</div><div>  H5&#39;2    amber99_19    0.07540     7</div><div>   C4&#39;    amber99_11    0.16290     8</div><div>   H4&#39;    amber99_19    0.11760     9</div>
<div>   O4&#39;    amber99_44   -0.36910    10</div><div>   C1&#39;    amber99_11    0.06800    11</div><div>   H1&#39;    amber99_20    0.18040    12</div><div>    N1    amber99_40   -0.02390    13</div><div>    C6    amber99_7    -0.22090    14</div>
<div>    H6    amber99_23    0.26070    15</div><div>    C5    amber99_7     0.00250    16</div><div>    C7    amber99_11   -0.22690    17</div><div>   H71    amber99_18    0.07700    18</div><div>   H72    amber99_18    0.07700    19</div>
<div>   H73    amber99_18    0.07700    20</div><div>    C4    amber99_2     0.51940    21</div><div>    O4    amber99_41   -0.55630    22</div><div>    N3    amber99_35   -0.43400    23</div><div>    H3    amber99_17    0.34200    24</div>
<div>    C2    amber99_2     0.56770    25</div><div>     O    amber99_41   -0.58810    26</div><div>   C3&#39;    amber99_11    0.07130    27</div><div>   H3&#39;    amber99_19    0.09850    28</div><div>   C2&#39;    amber99_11   -0.08540    29</div>
<div>  H2&#39;1    amber99_18    0.07180    30</div><div>  H2&#39;2    amber99_18    0.07180    31</div><div>   O3&#39;    amber99_44   -0.52320    32</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I can&#39;t see why atom 02 shouldn&#39;t be found.</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I am running GROMACS 4.0.5 on Mac OS 10.5</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Thanks,</div><div>Gunnar W.</div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div></div></div></div>