<span style="border-collapse:collapse">Hello!<br><br>I am trying to build articaine (local anesthetic) molecular structure with JME editor. According to  prodrg instruction, All hydrogens should need to be avoided. But I really dont know how to do that? I have attached a .JPG file for articaine. I dont know is it the right structure or not? But it contains hydrogen. I cannot remove the hydrogen from the structure. Would you pls give me some suggession how to do that?  And when I want to run genbox command to to add  like 12 articaine molecules to the  DMPC lipid bilayer it adds 8 or 11 or 9 molecules. Not the exact one. I wonder why this is happening? Anybody pls give me some suggession!!<br>

<br>The command that I have used to add 12 articaine molecule to the DMPC lipid bilayer is given below-<br><br>genbox -cp dmpc128.gro -ci articaine.gro -o dmpcarti.gro -nmol 12<br><br>I have generated the articaine.gro coordinate file with the dundee prodrg server using the built articaine  . But it add only 8/9 or 10 molecule. Not the exact 12 molecule. <br>

<br>Pls give me some suggession.<br><br>Best regards,<br>nittopuran<br>Bioinformatics..<br></span>