I tried to modify the spc.itp file, but wasn&#39;t successful. I decided not to try any more and changed to the amber_tip4p water model in the .top file. That solved the problem, no more error messages.<div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>Thanks for your help.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 16, 2009 at 7:30 PM, Gunnar Widtfeldt Reginsson <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:reginsson@gmail.com">reginsson@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">I am trying to run grompp using a pdb file of DNA duplex, a sucessfully generated topology, and the steep.mpd from <a href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/SaoCarlos2008/html/build.html#top" target="_blank">http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/SaoCarlos2008/html/build.html#top</a><div>

<br></div><div>I am getting the fatal error:</div><div><br></div><div><div>Fatal error:</div><div>[ file spc.itp, line 37 ]:</div><div>Atom index (1) in bonds out of bounds (1-0).</div>
<div>This probably means that you have inserted topology section &quot;bonds&quot;</div><div>in a part belonging to a different molecule than you intended to.</div><div>In that case move the &quot;bonds&quot; section to the right molecule.</div>

<div><br></div><div>I am using the amber99 force field, and have followed the notes on nucleic acids on <a href="http://chemistry.csulb.edu/ffamber/" target="_blank">http://chemistry.csulb.edu/ffamber/</a></div>
<div><br></div><div>I am new to Gromacs, can anyone help me with this?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Gunnar W.</div></div>
</blockquote></div><br></div>