<span class="Apple-style-span" style="font-family: 'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif', helvetica, sans-serif; font-size: 12px; ">Hello. I am trying to run free energy calculations on a protein - protein complex. I believe that I have made all of the necessary changes to my topology, and the nonbonded parameters are set to 0 for state B. I am using the GROMOS96 53a6 ff. My system runs fine with free energy turned off, but gives many lincs warnings when it is turned on, and lambda = 0 to 0.5. Ultimately, the run crashes. One thing that I can think of that may be a problem is that state B has a nonzero charge, while A is 0. I have attached my run input, and topology. Any help is very much appreciated. Thanks.&nbsp;</span><br><br> Elio Cino<br>