<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
That is nearly correct.<br>For a single 4-core Intel Core I7 cpu, the first 4 cpu's (as well as the last 4)<br>cover all 4 physical cores.<br>Therefore the command line (under Linux) is:<br>mpirun -np 4 taskset 0xf mdrun<br>But you get 15% more performance using 8 processes (if your system is not too small):<br>mpirun -np 8 mdrun<br><br>It hope (but don't know) that newer Linux kernels would handle this issue better.<br>I am running 2.6.27.29.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: pronk@cbr.su.se<br>Subject: Re: [gmx-users] Core i7 vs Core2Quad<br>Date: Wed, 16 Sep 2009 21:19:55 +0200<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>

<base><div>Hi,</div><div><br></div><div>In Linux, one can apparently set processor affinity (or, in this case core affinity) with 'taskset'. The command is used like this:</div><div><br></div><div>taskset &lt;bitmask&gt; command</div><div><br></div><div>where &lt;bitmask&gt; is a hexadecimal bit mask with the cpus to use (in a format like 0xff, where 0xff enables the first 8 cpus on a system). For mdrun using MPI on a core i7, with 4 (or fewer) tasks each on their own real core it would be</div><div><br></div><div>mpirun -np 4 taskset 0x55 mdrun</div><div><br></div><div>I don't have access to a cpu with hyperthreading right now so I can't check whether it actually works, though.&nbsp;</div><div><br></div><div>Sander</div><div><br></div><div><br></div><br><div><div>On Sep 15, 2009, at 18:41 , Berk Hess wrote:</div><br class="ecxApple-interchange-newline"><blockquote><span class="ecxApple-style-span" style="border-collapse: separate; font-family: Helvetica; font-size: medium; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px;"><div class="ecxhmmessage" style="font-size: 10pt; font-family: Verdana;">That is incorrect.<br><br>A Core I7 is about 40% faster with hyperthreading turned off.<br>A Core I7 is about 65% faster with hyperthreading turned on<br>and running 8 processes.<br><br>What you should NOT do (but which can happen very easily)<br>is running on a Core I7 with hyperthreading turned on and using<br>only 4 processes. In that case the processes are distributed<br>randomly over the 8 virtual and 4 real cores and the chance<br>is very high that at least one real cores gets 2 mdrun processes<br>and your simulation is nearly 50% slower than it could be.<br><br>If somebody has a solution for this problem under Linux,<br>that would be extremely useful.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Tue, 15 Sep 2009 14:20:09 +0200<br>&gt; From:<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:Antoine.Fortune@ujf-grenoble.fr">Antoine.Fortune@ujf-grenoble.fr</a><br>&gt; To:<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Core i7 vs Core2Quad<br>&gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; I7 about 20% faster at same clock speed ...<br>&gt; Antoine<br>&gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; marcos a écrit :<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt; I wander if somebody has compared Core i7 vs Core2Quad in Gromacs<br>&gt; &gt; simulations.<br>&gt; &gt; Is Core i7 faster in a per clock basis?<br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt; Marcos.<br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt; Marcos Villarreal<br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; &gt; Please search the archive at<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>&gt; &gt; www interface or send it to<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>&gt; &gt; Can't post? Read<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt; &gt;<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br><br><hr>What can you do with the new Windows Live?<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span>before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><br>www interface or send it to<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read<span class="ecxApple-converted-space">&nbsp;</span><a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></span></blockquote></div><br>                                               <br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>