Hi. I am new to Gromacs and I am  following the tutorial on <a href="http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/SaoCarlos2008/html/build.html#top">http://wwwuser.gwdg.de/~ggroenh/SaoCarlos2008/html/build.html#top</a><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>I have managed to get the DNA into a water box. When I run genbox  I use the ffamber_tip4p.gro water model.</div><div>When I then run:</div><div>grompp -f neutralize.mdp -c solved.pdb -p topol I get this fatal error:</div>
<div>where neutralize.mdp is from the website above.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program grompp, VERSION 4.0.5</div>
<div>Source code file: readir.c, line: 1463</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Fatal error:</div><div>Invalid T coupling input: 0 groups, 2 ref_t values and 2 tau_t values</div><div>-------------------------------------------------------</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I have been searching for an explanation to this error but haven&#39;t found anything. Can somone please help. </div>
<div>Thanks.</div></div>