I am performing PMF calculations for my helix dimer using umbrella potential and WHAM analysis. I have already obtained the main reaction coordinates and have divided my path into several windows. From each of this windows, corresponding to a specified distance between my two dimers, I am simulating 400 ps in order to obtain the entry files for g_wham. I have observed, although, that my structures do not stay within the specified distance. The two monomers fall back onto each other, as one would expect happening. I have read that this sampling windows must be in equilibrium, i.e., both monomers should remain where they are in order to get a good overlap between windows. Will that be a problem later on when I try to do my wham analysis?<br>
Thank you<br>Fabrício Bracht<br>