<div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>
<br>
&gt; The distances between the two structures in each of the windows are (in nm):<br>
&gt; 0ps = 1.56 ; 500ps = 1.54; 1000ps = 1.56; 1500 = 1.56; 2000 = 1.52; 2500<br>
&gt; = 1.65; 3000 = 1.66; 3500 = 1.77; 4000 = 1.63; 4500 = 1.62; 5000 = 1.7;<br>
&gt; 5250 = 1.62; 5500 = 1.6; 5750 = 1.73; 6000 = 1.85; 6250 = 1.86; 6500 =<br>
&gt; 1.91; 6750 = 1.84; 7000 = 1.88; 7250 = 1.82; 7500 = 1.93 ; 7750 = 2.04;<br>
&gt; 8000 = 2.16 ; 8250 = 2.3 ; 8500 = 2.32 ; 8750 = 2.45 ; 9000 = 2.52 ;<br>
&gt; 9250 = 2.5 ; 9500 = 2.62 ; 9750 = 2.65 ; 10000 = 2.66<br>
<br>
There is substantial overlap and jumping back and forth (i.e., 1.56, decrease to<br>
1.54, increase to 1.56, then back to 1.52, etc) in these distances, so I think<br>
they are not optimal for umbrella sampling.  Instead of more regular spacing in<br>
time, I would suggest more regular spacing in terms of distance.  Most<br>
literature on the topic cites how far apart windows were in terms of distance,<br>
which is important for WHAM analysis.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<br>
</blockquote></div>Is there a way to do this automatically in gromacs? To extract structures from the simulation based on the distance between them?<br>