Hi.<div>I am trying to run this command on a solvated DNA</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><div>grompp -f mini_sol.mdp -p topol.top -c DNAneutral.pdb -n DNAneutral.ndx</div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>and I get this fatal error:</div><div><div>-------------------------------------------------------</div><div>Program grompp, VERSION 4.0.5</div><div>Source code file: toppush.c, line: 1641</div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>Fatal error:</div><div>No such moleculetype Na+</div><div>-------------------------------------------------------</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>I have added to the file ions.itp :</div>
<div><div><div>[ moleculetype ]</div><div>; molname       nrexcl</div><div>Na+             1</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>[ atoms ]</div><div>; id    at type res nr  residu name     at name  cg nr  charge</div>
<div>1    amber99_31 1       Na+             Na       1      1</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div></div><div><br></div><div>because this is how the Na ion is in ffamber99.rtp</div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>[ Na+ ]</div><div> [ atoms ]</div><div>   Na     amber99_31   1.00000     1</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>And this I have done according to the amber website:</div>
<div><a href="http://chemistry.csulb.edu/ffamber/#aadat">http://chemistry.csulb.edu/ffamber/#aadat</a><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>The last part of the topol.top file is:</div><div><div>SOL         13651</div><div>Na+         38</div><div>Cl          0</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>and the structure file contains:</div>
<div>ATOM  55905  Na  Na+  3729      77.070  47.215  21.822  1.00  0.00<br class="webkit-block-placeholder"></div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Does anyone know what could be wrong?</div><div><br class="webkit-block-placeholder">
</div><div>Thanks.</div></div></div></div></div></div>