<div dir="ltr"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
I assume that atoms from opposite ends of the simulation box are being seen by GROMACS as being 1-4 neighbors as a result of the PBC, </blockquote><div>Are you sure? have you looked at the last &quot;good&quot; frame before this message? GMX treats PBC as it should during MD neighbour search, so maybe this is a pair that was initially close and interacting, but later moved away from each other.<br>
 </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">but the shortest distance between the atoms is not being observed. Is this the problem? Is this problem resulting in the system exploding? And, how do I resolve this problem?<br>
</blockquote></div>If you are sure that everything else is ok, then extend the table extension.<br>Two other things to work around this are either reduce timestep or check that your definition of the box is as it should.<br>
--Omer.<br></div>