You were right Justin. I had to include the lines:<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>#ifdef _FF_AMBER</div><div><div>[ moleculetype ]</div><div>; molname       nrexcl</div><div>Na+                1</div><div>
<br class="webkit-block-placeholder"></div><div>[ atoms ]</div><div>; id    at type         res nr  residu name     at name  cg nr  charge   mass</div><div>1       amber99_31      1       Na+             Na           1       1           22.98977</div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>#endif</div><div>int the ions.itp</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>And there were no errors</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div>
<div><br class="webkit-block-placeholder"></div><div>Thanks again.</div><div><br class="webkit-block-placeholder"></div><br><div class="gmail_quote">On Sun, Sep 20, 2009 at 11:59 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Gunnar Widtfeldt Reginsson wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi.<br>
I am trying to run this command on a solvated DNA<br>
<br>
grompp -f mini_sol.mdp -p topol.top -c DNAneutral.pdb -n DNAneutral.ndx<br>
<br>
and I get this fatal error:<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program grompp, VERSION 4.0.5<br>
Source code file: toppush.c, line: 1641<br>
<br>
Fatal error:<br>
No such moleculetype Na+<br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
I have added to the file ions.itp :<br>
[ moleculetype ]<br>
; molname       nrexcl<br>
Na+             1<br>
<br>
[ atoms ]<br>
; id    at type res nr  residu name     at name  cg nr  charge<br>
1    amber99_31 1       Na+             Na       1      1<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Is this section contained in an appropriate #ifdef _FF_AMBER block?<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
<br>
because this is how the Na ion is in ffamber99.rtp<br>
<br>
<br>
[ Na+ ]<br>
 [ atoms ]<br>
   Na     amber99_31   1.00000     1<br>
<br>
And this I have done according to the amber website:<br>
<a href="http://chemistry.csulb.edu/ffamber/#aadat" target="_blank">http://chemistry.csulb.edu/ffamber/#aadat</a><br>
<br>
<br>
The last part of the topol.top file is:<br>
SOL         13651<br>
Na+         38<br>
Cl          0<br>
<br>
and the structure file contains:<br>
ATOM  55905  Na  Na+  3729      77.070  47.215  21.822  1.00  0.00<br>
<br>
Does anyone know what could be wrong?<br>
<br>
Thanks.<br>
<br>
<br></div><div class="im">
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>