<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
HI Berk,<br>
<br>
Thanks for your reply!<br>
<br>
Questions related the implicit Walls. <br>
a) When I use PBC =xyz in combination with nwall=2, I get the following
error<br>
&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; ERROR: walls only work with pbc=xy<br>
&nbsp;&nbsp; &nbsp; But If I use pbc=xy, there is no periodic image in the Z
direction, why should we use "wall_ewald_zfac"=2~3? <br>
c) Even though I have used half of the processors for -npme, there is
still more than 20% is lost due to PME have more work to do. Is there
any idea to improve the performance?<br>
<br>
The following is the parameters for the walls I try to simulate the
graphine substrate.<br>
<br>
; WALLS<br>
; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor
for Ewald<br>
nwall&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 2<br>
wall_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; = 9-3<br>
wall_r_linpot&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>
wall_atomtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = opls_135&nbsp;&nbsp; opls_135<br>
wall_density&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; = 114&nbsp; 114<br>
wall_ewald_zfac&nbsp;&nbsp; &nbsp; = 3<br>
<br>
<br>
<br>
Berk Hess wrote:
<blockquote cite="mid:COL113-W39497AACDB8C5B049BDA4C8EDD0@phx.gbl"
 type="cite">
  <pre wrap="">Hi,

Nearly all the information is in the mdp options page, but it is a bit concise.
The only really missing information is that there is not cut-off for the wall.
All atoms feel the force of one or both walls.

The density is required to determine the interaction strength of the wall
for the 9-3 and 10-4 options. The LJ potential is integrated over the volume
behind the wall or the plain of the wall, which requires a LJ particle density.

Berk

Date: Mon, 21 Sep 2009 10:02:29 +0200
From: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:qiaobf@gmail.com">qiaobf@gmail.com</a>
To: <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
Subject: [gmx-users] question about the implicit walls






  
  




Hi, 



Is anyone who can clear the "Walls" feature in the gmx 4.0.x? Same as
Yves (see the end), I cannot find any related reference or publication
citing it. 



Generally the potential on wall is in continuum format. But if it is
also true here,  what the "wall_density" for?  I guess it is based on a
lattice model. If I want to build silicon or graphene walls, what kind
of values is suitable for them? Any reference?



regards,

Baofu Qiao



[gmx-users] Implicit walls.
Yves Dubief

Thu, 11 Jun 2009 03:32:11 -0700



Hi,




I am using the implicit wall method available in 4.0.x and I cannot
seem to find any published work on the method, aside from the
manual. I think I have an overall understanding of the
method, but I am not confident about some key details:
- Is the force generated from the wall derived from a
continuum representation of the wall based on the surface
density, or from a lattice of virtual atoms? I am leaning
toward #1 just because it works great under NPT
- What is the depth of the virtual wall when wall_r_linpot=0?
Is it LJ cutoff? or "zero"?
- Are any of developer willing to validate the paragraph we
plan on writing in my student thesis and future publications
(when it's all ready)?

   Thank you in advance.
   Yves
                                               
_________________________________________________________________
Express yourself instantly with MSN Messenger! Download today it's FREE!
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/">http://messenger.msn.click-url.com/go/onm00200471ave/direct/01/</a>
  </pre>
  <pre wrap="">
<hr size="4" width="90%">
_______________________________________________
gmx-users mailing list    <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
Please search the archive at <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.
Can't post? Read <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></pre>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>