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I tested on your system and got good results.<br>There is still a tricky issue: the pull COM is still determined<br>in the "standard" way by summing distances from the pbcatom.<br>Therefore atoms should not change nearest image from he pbcatom.<br>This would result in nasty noise in the pull COM and force.<br><br>I would suggest that you try to run the master branch and check<br>if that works.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Mon, 21 Sep 2009 14:31:34 +0200<br>&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] direction_periodic<br>&gt; <br>&gt; Hey,<br>&gt; <br>&gt; after some pain of merging the dev branch into our 4.0.5 version I got<br>&gt; the new pull mode "direction_periodic"<br>&gt; running over the weekend. There's some weird rotation of the pulled<br>&gt; objects going on and pbc seem weird as well (there are water molecules<br>&gt; in those positions where I'd expect the periodic image of my diamond<br>&gt; slab which leaves the box at one side). I guess you tested the new pull<br>&gt; mode somehow, so any ideas what's going on here? I'm still trying to<br>&gt; perform the same experiment for which I send you the input files while<br>&gt; ago and for which you kindly implemented the new pull mode.<br>&gt; <br>&gt; Thx for your help,<br>&gt; Alex<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; I have committed a new pull geometry direction_periodic to the git<br>&gt; &gt; master branch. It is not documented yet.<br>&gt; &gt; It works the same at direction, but allows distances to be larger<br>&gt; &gt; than half the box and does not add the pull force to the virial.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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