<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Mon, 21 Sep 2009 09:11:24 +0200<br>&gt; From: anna.marabotti@isa.cnr.it<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] Re: Re: problems running REMD on grids<br>&gt; <br>&gt; Dear Mark,<br>&gt; <br>&gt; I passed your suggestion to omit the -s flag to the person who developed the<br>&gt; scripts to launch GROMACS on the grid (I'm only a final user with no<br>&gt; permission to modify the scripts). We made several trials and I don't know<br>&gt; exactly all the modifications he applied during all trials (it's not exactly<br>&gt; a script that I launch as an .exe file, the system is a bit more complex and<br>&gt; I cannot see directly the commands). In the final version of the script I<br>&gt; know that the flag -s was kept with the suggestion of adding only the name<br>&gt; of the tpr files, without extension. Now it works.<br>&gt; <br>&gt; Anna<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Date: Sat, 19 Sep 2009 05:22:16 +1000<br>&gt; From: Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Re: problems running REMD on grids<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>&gt; Message-ID: &lt;4AB3DDE8.8000201@anu.edu.au&gt;<br>&gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>&gt; <br>&gt; Anna Marabotti wrote:<br>&gt; &gt; Dear gmx-users,<br>&gt; &gt; after a lot of trial (and errors) I finally got my REMD simulation. The<br>&gt; &gt; problem was solved essentially when we avoided indicating the extension of<br>&gt; &gt; the .tpr files: i.e.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; mdrun -s REMD_.tpr -multi 16 -replex 1000 -deffnm REMD_  -np 16<br>&gt; &gt; did not work, whereas<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; mdrun -s REMD_ -multi 16 -replex 1000 -deffnm REMD_  -np 16<br>&gt; &gt; did work.<br>&gt;<br><br>This is very strange.<br>Both command lines work fine for me.<br>BTW: note that mdrun has no option -np.<br><br>Berk<br>&nbsp;<br>&gt; This sounds tantamount to my suggested solution of omitting the -s <br>&gt; parameter entirely. Did you try that? Did it work?<br>&gt; <br>&gt; &gt; I'm posting it to leave a trace in the gmx-users archive; I'd suggest to<br>&gt; &gt; correct accordingly the example in the part "Execution steps" at<br>&gt; &gt; http://oldwiki.gromacs.org/index.php/REMD<br>&gt; <br>&gt; Dallas Warren wrote that originally, but I'll update it if you'll <br>&gt; confirm the above.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>