<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You don't mention what kind of benchmark system tou are using for these tests.<br>A too small system could explain these results.<br><br>Berk<br><br><br><hr id="stopSpelling">Date: Thu, 24 Sep 2009 07:01:04 -0700<br>From: flormartini@yahoo.com.ar<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] trying to get better performance in a Rocks cluster        running GROMACS 4.0.4<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit; -x-system-font: none;" valign="top">hi,<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;We are about to start running GROMACS 4.0.4 with OpenMPI, in 8<br>nodes, quad core Rocks cluster. We made some tests, without PME and<br>found two notable things:<br><br>* We are getting the best speedup (6) with 2 nodes ( == 8 cores ). I read<br>the "Speeding Up Parallel GROMACS in High Latency networks" paper, and<br>thought that the culprit was the switch, but ifconfig shows no retransmits<br>(neither does ethtool -s or netstat -s). Does version 4 includes the<br>alltoall patch? Is the paper irrelevant with GROMACS 4?<br><br>* When running with the whole cluster ( 8 nodes, 32 cores ), top reports<br>in any node a 50% system CPU usage. Is that normal? Can it be accounted to<br>the use of the network? The sys usage gets a bit up when we configured the<br>Intel NICs with Interrupt Coalescense Off, so I'm tempted to think it
 is<br>just OpenMPI hammering the tcp stack, polling for packages.<br><br>Thanks in advance,<br><br>Dra.M.Florencia Martini<br>
Laboratorio de Fisicoquímica de Membranas Lipídicas y Liposomas<br>
Cátedra de Química General e Inorgánica<br>
Facultad de Farmacia y Bioquímica<br>
Universidad de Buenos Aires<br>
Junín 956 2º (1113)<br>
TE: 54 011 4964-8249 int 24</td></tr></tbody></table><br>



      <hr size="1"><br><font face="Verdana" size="-2">Encontra las mejores recetas con Yahoo! Cocina.
<br>
http://ar.mujer.yahoo.com/cocina/</font>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>