Dear everyone,<br><br>I use the command (g_rdf -f traj.trr -s md.tpr -o rdf_12.xvg -sq sq_12.xvg -b&nbsp;&nbsp;1000 -bin 0.01 -cut 1.2 -grid 0.05 <span href="http://www.mdbbs.org/tag.php?name=%C3%FC%C1%EE" onclick="tagshow(event)" class="t_tag"></span>) to calculate the RDF<br>
<br>There are two questions:<br><br>Question_1: Why should we do the three times selections[ the red line],<br>

<br>
Reading file md.tpr, VERSION 4.0.4 (single precision)<br>
Reading file md.tpr, VERSION 4.0.4 (single precision)<br>
<br>
<font color="Red">Select 1 group</font><font size="4">¡¾the first time, what aim is this selection? ¡¿</font><br>
Opening library file /home/tianwd/soft/<span href="http://www.mdbbs.org/tag.php?name=gromacs" onclick="tagshow(event)" class="t_tag">gromacs</span>4//share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
<span href="http://www.mdbbs.org/tag.php?name=Group" onclick="tagshow(event)" class="t_tag">Group</span>&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;System) has&nbsp;&nbsp;5240 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;SOL) has&nbsp;&nbsp;5216 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;2 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;CL-) has&nbsp; &nbsp; 12 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;3 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;NA+) has&nbsp; &nbsp; 12 elements<br>
Select a group: 3<br>
Selected 3: &#39;NA+&#39;<br>
trn version: GMX_trn_file (single precision)<br>
<br>
Reading frame&nbsp; &nbsp; 1500 time 3000.000&nbsp; &nbsp;<br>
Last frame&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp; 1500 time 3000.000&nbsp; &nbsp;<br>
Reading file md.tpr, VERSION 4.0.4 (single precision)
<br>
<br>
<font color="Red">Select a reference group and 1 group</font><font size="4">¡¾the second time must select two groups ¡¿</font><br>
Opening library file /home/tianwd/soft/gromacs4//share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;0 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;System) has&nbsp;&nbsp;5240 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;1 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;SOL) has&nbsp;&nbsp;5216 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;2 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;CL-) has&nbsp; &nbsp; 12 elements<br>
Group&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;3 (&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;NA+) has&nbsp; &nbsp; 12 elements<br>
Select a group: 1<br>
Selected 1: &#39;SOL&#39;<br>
Select a group: 3<br>
Selected 3: &#39;NA+&#39;<br>
Reading frame&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;600 time 1200.000&nbsp;&nbsp; <br clear="all"><br><br>Q_2: What is the reasons for&nbsp; the following error?<br><br><br>Select 1 group<br>Opening library file /home/tianwd/soft/gromacs4//share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>
Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; System) has&nbsp; 5204 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL) has&nbsp; 5168 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CL-) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18 elements<br>Group&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 (&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NA+) has&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18 elements<br>Select a group: 0<br>Selected 0: &#39;System&#39;<br>
Reading frame&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 time 1000.000&nbsp;&nbsp; <br>-------------------------------------------------------<br>Program g_rdf, VERSION 4.0.4<br>Source code file: gmx_rdf.c, line: 639<br><br>Fatal error:<br><br style="color: rgb(255, 0, 0);">
<span style="color: rgb(255, 0, 0);">Error: atom (MW) not in list (5 types checked)!</span><br><br>-------------------------------------------------------<br><br><br>Thanks in advance<br>-- <br>wende<br>