<div>Hi Justin <br></div><div><br></div><div>I had missed the -type flag of g_angle. </div><div><br></div><div>But it gives the distribution of the dihedral, not the value corresponding to each frame. for example, </div><div>
<br></div><div> g_angle_d -f mol.xtc -n torsion.ndx -type dihedral </div><div>followed by selection of a group with 4 atoms generated one output file angdist.xvg which looks like </div><div><br></div><div>@    title &quot;Dihedral Distribution: Phi=180.0_2_43.93&quot;<br>
@    xaxis  label &quot;Degrees&quot;<br>@    yaxis  label &quot;&quot;<br>@TYPE xy<br>@    subtitle &quot;average angle: 0.445455\So\N&quot;<br>@with g0<br>@    world xmin -180<br>@    world xmax  180<br>@    world ymin 0<br>
@    world ymax 0.0409091<br>@    xaxis  tick major 60<br>@    xaxis  tick minor 30<br>@    yaxis  tick major 0.005<br>@    yaxis  tick minor 0.0025<br>      -180    0.035465<br>      -179    0.032967<br>  :<br></div><div>
  :</div><div><br></div><div><br></div><div>I guess it should be easy to modify the code to get the value out for each frame. </div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Sandeep </div><div><br></div><div><br></div><div><br>
</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Sat, Sep 26, 2009 at 5:54 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div class="im"><br>
<br>
sandeep somani wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
hi <br>
I have simulated a molecule (not a standard protein) with gmx and now need to compute dihedral angles between specified atoms for all frames of in the .xtc file. <br>
Is there any utility along the lines of g_bond whcih computes the dihedral/torsion angle given 4 atom numbers in a index file group ? <br>
</blockquote>
<br></div>
g_angle -type dihedral<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Based on the manual, g_chi and g_dih come close but do not exactly fit the bill. Any work around ? <br>
Thanks Sandeep <br>
--<br>
Graduate Student Chemical Physics<br>
Univ of Maryland College Park<br>
<br>
<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br>