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<body class='hmmessage'>
Strange...<br>I tested the code on the files you sent me<br>and the slabs were moving smoothly.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Mon, 28 Sep 2009 15:40:16 +0200<br>&gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] direction_periodic<br>&gt; <br>&gt; Hey,<br>&gt; <br>&gt; so using the new direction_periodic with some kernels that actually work<br>&gt; and the sources from the git (unmodified)<br>&gt; gives a nice smooth pull force but no actual mean displacement of the<br>&gt; groups to be pulled (on average they just stay where they are,see<br>&gt; attached graph). I'm still trying to pull them into opposite directions<br>&gt; though.<br>&gt; <br>&gt; I'm using this setup:<br>&gt; pull            = umbrella<br>&gt; pull_geometry   = direction_periodic<br>&gt; pull_ngroups         = 1<br>&gt; pull_group0          = DIAM<br>&gt; pull_group1          = DIAM2<br>&gt; pulldim         = Y N N<br>&gt; pull_k1          = 1000.0<br>&gt; pull_rate1       = 0.01<br>&gt; pull_vec1        = -1.0 0.0 0.0<br>&gt; <br>&gt; How can I make the two diamond slabs actually move in opposite<br>&gt; directions rather than just oscillating around their<br>&gt; initial positions?<br>&gt; <br>&gt; Thx,<br>&gt; Alex<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Don't use fortran.<br>&gt; &gt; We will get rid of it before the 4.1 release.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Date: Mon, 21 Sep 2009 16:17:17 +0200<br>&gt; &gt; &gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] direction_periodic<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Hey,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; ok, I checked this. It works ok with the assembly kernels on my local<br>&gt; &gt; &gt; machine, but it fails with fortran kernels<br>&gt; &gt; &gt; on the HPC and on my local machine.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Alex<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Yes.<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Date: Mon, 21 Sep 2009 14:42:43 +0200<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] direction_periodic<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; With master branch you mean the code I get via<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; |git clone git://git.gromacs.org/gromacs.git<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; right?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Alex<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; |<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I tested on your system and got good results.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; There is still a tricky issue: the pull COM is still determined<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; in the "standard" way by summing distances from the pbcatom.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Therefore atoms should not change nearest image from he pbcatom.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; This would result in nasty noise in the pull COM and force.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I would suggest that you try to run the master branch and check<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; if that works.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Date: Mon, 21 Sep 2009 14:31:34 +0200<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; From: alexander.herz@mytum.de<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Subject: [gmx-users] direction_periodic<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hey,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; after some pain of merging the dev branch into our 4.0.5 version<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I got<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; the new pull mode "direction_periodic"<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; running over the weekend. There's some weird rotation of the<br>&gt; &gt; pulled<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; objects going on and pbc seem weird as well (there are water<br>&gt; &gt; &gt; &gt; molecules<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; in those positions where I'd expect the periodic image of my<br>&gt; &gt; diamond<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; slab which leaves the box at one side). I guess you tested the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; new pull<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; mode somehow, so any ideas what's going on here? I'm still<br>&gt; &gt; trying to<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; perform the same experiment for which I send you the input files<br>&gt; &gt; &gt; &gt; while<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ago and for which you kindly implemented the new pull mode.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Thx for your help,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Alex<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Berk Hess schrieb:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I have committed a new pull geometry direction_periodic to<br>&gt; &gt; the git<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; master branch. It is not documented yet.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; It works the same at direction, but allows distances to be<br>&gt; &gt; larger<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; than half the box and does not add the pull force to the<br>&gt; &gt; virial.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search<br>&gt; &gt; before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger<br>&gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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