Hello everyone,<br>      Thanks to Tsjerk, Mark Abraham, Justin and Dr. Vitaly for the very useful inputs to my quest for generating a .gro file from a .pdb file. <br>      I am now trying to minimize the energy of the system so I can do an mdrun but I keep having the error message:<br>
the cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.<br>      I have changed the values of rlist, rvdw and rcoulomb, and even the box size several times but I still keep having this message. Please, I need help to figure out what to do to fix this problem.<br>
The command line I am using is:grompp -f waters.mdp -c waters_b.gro -p water.top -o watersinput.tpr<br><br>      Also, is there a way to convert atom types from one format to another? I also have the following warnings:<br>
<br>&quot;Warning: atom name 1 in water.top and waters_b.gro does not match (OW - O)<br>Warning: atom name 2 in water.top and waters_b.gro does not match (HW1 - H)<br>Warning: atom name 3 in water.top and waters_b.gro does not match (HW2 - H)<br>
atom names from water.top will be used<br>atom names from waters_b.gro will be ignored.&quot;<br><br>I had drawn my molecule in ghemical and exported as a pdb file and so the atom types O and H were automatically generated.<br>
<br><br>Thank you,<br>Lum<br>     <br>