Hi,<br>I have a problem with water molecules in my system: I&#39;m using Gromacs with ffamber94 force-field. During minimization, I have this message: <br><br>t = 0.014 ps: Water molecule starting at atom 10045 can not be settled.<br>
Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>The minimization converged. However, molecular dynamics were stopped. <br>I tried minimization with different parameters: Flexible, position-restrained, reducing my timestep, etc... and nothing worked.<br>
<br>I also tried one simulation with TIP3P water model and another simulation with SPC water model and I still get the same error. <br>I tried to access: <a href="http://oldwiki.gromacs.org">oldwiki.gromacs.org</a> but access is denied.<br>
<br>Please does anyone have a solution to propose?<br><br>Thanks<br>Carla <br>