Dear Gromacs users,<br><br>I have a modelled protein whose net charge is +12.69, and I would like to ionize the protein to make it neutral using genion command, but in genion command we can add a specific number of postive or negative charged ions which for my case would not completely neutralize the system and i learnt from Justin tutorial that we can even neutralize it using -conc and -neutral options in conjugation. As I am running a membrane-protein simulation, I would like to know the command which I am using is correct or not.<br>
<br><font face="Arial"><font size="3"><font face="courier" size="-1">genion -s ions.tpr -o protein_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA+ -nname CL- -nn 12 -neutral<br><br>If my command is wrong Please suggest the right one as In future i have to conjugate SOL and CL- ions to create a special index file.<br>
<br><br>Thanks<br><br>Ram<br></font></font></font>