<div dir="ltr">Trj &quot;trjconv -pbc nojump&quot;, or &quot;trjconv -h&quot; and read the short help printed. Omer.<br><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><br></div><div>I actually didnt realize this until i did a long simulation after which the trajectories of some of the atoms looked way out of the box dimensions. The co-ordinates of many atoms didnt lie in the box range. Although the output file contained the same box dimensions as I started with. Could someone help me in understanding what happened?</div>
<br></blockquote></div><br></div>