Hi,<br><br>another point you should consider is that the atom/molecule number in the pdb or gro file are not necessarally the what you see in your output. You should use gmxdump in such cases to trace the molecule.<br><br>
<br>Cheers,<br>Itamar<br><br>---<br><br> &quot;In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is.&quot; - Jan L.A. van de Snepscheut<br><br>===========================================<br>
| Itamar Kass, Ph.D.<br>| Postdoctoral Research Fellow<br>|<br>| Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>| Building 77 Clayton Campus<br>| Wellington Road<br>| Monash University,<br>| Victoria 3800<br>| Australia<br>
|<br>| Tel: +61 3 9902 9376<br>| Fax: +61 3 9902 9500<br>| E-mail: <a href="mailto:Itamar.Kass@med.monash.edu.au">Itamar.Kass@med.monash.edu.au</a><br>============================================<br><br><div class="gmail_quote">
On Wed, Sep 30, 2009 at 1:14 AM, Manik Mayur <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:manik.mayur@gmail.com">manik.mayur@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div class="gmail_quote">2009/9/29 Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span><div class="im"><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


<div><br>
<br>
Carla Jamous wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Thank you for your reply,<br>
but none of the water molecules with error messages is trapped inside my protein, nor is it in contact with the protein or the ions in my system.<br>
<br></blockquote></div></blockquote></div><div><br>Also if the water molecules are positioned properly, you can try define = -DPOSRES_WATER in your .mdp file with a high value set in your topology(.top) file under [position restraint] section as,<br>


<br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>   1    1       100000       100000       100000<br>#endif<br><font color="#888888"><br>
-Manik<br>

<br></font></div><div><div></div><div class="h5"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



</blockquote>
</div>
Then you need to watch the trajectory and see where things go wrong.  In unstable systems, I often set &quot;nstxout = 1&quot; to capture as many frames in the .trr file as possible (if the crash is happening early, as it is in your case).<br>



<br>
Likely, energy minimization did not resolve all the bad contacts, but may still have converged within your criteria.  You could also specify a lower target Fmax during EM to see if things resolve.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Carla<div><br>
<br>
On Tue, Sep 29, 2009 at 1:15 PM, Tsjerk Wassenaar &lt;<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:tsjerkw@gmail.com" target="_blank">tsjerkw@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>



<br>
    Hi Carla,<br>
<br>
    You may have a water molecule trapped inside your protein. Check the<br>
    water molecule with the given atom number in a viewer, together with<br>
    your structure. If it is inside, you can try to remove it manually<br>
    from the system, editing the structure file and decreasing the amount<br>
    of solvent listed in te topology file. If you edit the .gro file, do<br>
    mind to decrease the number on the second line (the number of atoms)<br>
    by three.<br>
<br>
    Hope it helps,<br>
<br>
    Tsjerk<br>
<br>
    On Tue, Sep 29, 2009 at 11:38 AM, Carla Jamous<br></div><div>
    &lt;<a href="mailto:carlajamous@gmail.com" target="_blank">carlajamous@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:carlajamous@gmail.com" target="_blank">carlajamous@gmail.com</a>&gt;&gt; wrote:<br>
     &gt; Hi,<br>
     &gt; I have a problem with water molecules in my system: I&#39;m using<br>
    Gromacs with<br>
     &gt; ffamber94 force-field. During minimization, I have this message:<br>
     &gt;<br>
     &gt; t = 0.014 ps: Water molecule starting at atom 10045 can not be<br>
    settled.<br>
     &gt; Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files<br>
    with<br>
     &gt; previous and current coordinates<br>
     &gt;<br>
     &gt; The minimization converged. However, molecular dynamics were stopped.<br>
     &gt; I tried minimization with different parameters: Flexible,<br>
     &gt; position-restrained, reducing my timestep, etc... and nothing worked.<br>
     &gt;<br>
     &gt; I also tried one simulation with TIP3P water model and another<br>
    simulation<br>
     &gt; with SPC water model and I still get the same error.<br>
     &gt; I tried to access: <a href="http://oldwiki.gromacs.org" target="_blank">oldwiki.gromacs.org</a><br></div>
    &lt;<a href="http://oldwiki.gromacs.org" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org</a>&gt; but access is denied.<div><br>
     &gt;<br>
     &gt; Please does anyone have a solution to propose?<br>
     &gt;<br>
     &gt; Thanks<br>
     &gt; Carla<br>
     &gt;<br>
     &gt; _______________________________________________<br>
     &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
     &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
     &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
     &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
     &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
     &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
     &gt;<br>
<br>
<br>
<br>
    --<br>
    Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
    Junior UD (post-doc)<br>
    Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>
    Utrecht University<br>
    Padualaan 8<br>
    3584 CH Utrecht<br>
    The Netherlands<br>
    P: +31-30-2539931<br>
    F: +31-30-2537623<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
    www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
<br></div>
------------------------------------------------------------------------<div><br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>