I changed bond type to 8. <br>In any case the two MD simulations (same harmonic potential but in analytical form vs tabulated form) gives different results.<br>All the pararameters of the simulation are the same.<br><br>AM <br>
<br>
----Messaggio originale----<br>
Da: gmx3@hotmail.com<br>
Data: 29-set-2009 3.54 PM<br>
A: &lt;albitauro@virgilio.it&gt;, "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>
Ogg: RE: R: RE: R: RE: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br>
<br>

<!--
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
-></style>
-->

No.<br><br>The ONLY difference between bonds type 8 and type 9 is that type 8 generates exclusions<br>while type 9 does not (see table 5.4 in the manual).<br>Simply changing from type 9 to 8 will generate the exclusions.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 29 Sep 2009 17:52:03 +0200<br>From: albitauro@virgilio.it<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: R: RE: R: RE: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>In&nbsp;my simulation I used bond type 9 because I was convinced that 1-2 LJ interaction would have been excluded&nbsp; in any case as default for bond stretching interaction.&nbsp;After my simulations it seems not and so I suppose that I&nbsp;must use bond type 8 and list the exclusion in the itp...Right?<br><br>Alberto&nbsp;&nbsp;<br><br>----Messaggio originale----<br>Da: gmx3@hotmail.com<br>Data: 29-set-2009 2.15 PM<br>A: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Ogg: RE: R: RE: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>Are you really sure about this and that this is with bond type 8?<br><br>The whole point of having a tabulated bond type 8 and 9<br>is that 8 does generate exclusions and 9 does not.<br><br>Berk<br><br>
<hr id="ecxstopSpelling">
Date: Tue, 29 Sep 2009 14:17:37 +0200<br>From: albitauro@virgilio.it<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: R: RE: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>Hi,<br><br>in order to check further which kind of problems are present when using<br>tabulated potential, I carried out two simulations on the same system by using the same harmonic<br>potential for bond stretching but either in analytical form or in tabulated form respectively. The<br>results of the two simulations are different!<br>I repeated the calculationis on just two bonded particles and I verified that when using<br>analytical stretching potentials 1-2 LJ interactions are excluded while they<br>are not excluded when using tabulated potential.<br>Am I right?<br><br>This should mean that I have to use a function type 8 and list explicitly the elements of the [<br>exclusions ] field or is there another method?<br><br>Thanks<br><br>Alberto<br><br>----Messaggio originale----<br>Da: gmx3@hotmail.com<br>Data: 25-set-2009 12.27 PM<br>A: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Ogg: RE: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>Your system could be unstable.<br>You can check for large forces with mdrun -pforce<br>I don't know what a reasonable range of forces is, you can try 5000.<br>If you have instabilities, you should get large forces printed<br>before you get the fatal error.<br><br>Berk<br><br><br>
<hr id="ecxecxstopSpelling">
Date: Fri, 25 Sep 2009 14:10:08 +0200<br>From: albitauro@virgilio.it<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: R: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>Unfortunately, my box sizes are not close to 23. I also carried out calculations switching off PBC or on much smaller systems. <br>I received always the same error. <br>I tried also a geometry optimization. It finished without warnings nor errors: anyway the potential energy changed only very slightly during the simulation with too large values.<br><br>Thanks<br><br>AM<br><br>----Messaggio originale----<br>Da: gmx3@hotmail.com<br>Data: 24-set-2009 11.29 AM<br>A: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Ogg: RE: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>This is not nonsense, it is exactly what is says.<br>The distance between two atoms is more than 10 times as large as your table length.<br><br>Maybe you are somehow having issues with periodic boundary conditions.<br>Is you box size close to 23?<br><br>Berk<br><br><br>
<hr id="ecxecxecxstopSpelling">
Date: Thu, 24 Sep 2009 12:32:36 +0200<br>From: albitauro@virgilio.it<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>Hi,<br><br>I'm trying to carry out a CG simulation and I'm using<br>a tabulated potential for a bond stretching term.<br>My MD simulations stops immediately with the error message:<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.5<br>Source code file: bondfree.c, line: 1772<br><br>Fatal error:<br>A tabulated bond interaction table number 0 is out of the table range: r 23.678833, between table indices 12069 and 12070, table length 1020<br>-------------------------------------------------------<br><br>This should mean that some distances are beyond table length (as reported in the manual) but this is<br>nonsense considering my input files and topology.<br><br>Do you have any suggestion?<br>Thanks!<br><br>AM<br><br><br>
<hr>
Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a> <br><br><br>
<hr>
What can you do with the new Windows Live? <a href="http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx">Find out</a> <br><br><br>
<hr>
Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/">MSN Messenger</a> <br><br>                                               <br><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/" target="_new">MSN Messenger</a>
<br>
<br>