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style="WORD-SPACING: 0px; FONT: medium 'Times New Roman'; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate; orphans: 2; widows: 2; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px"><SPAN 
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class=apple-style-span><SPAN lang=EN-US 
style="COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Courier New'; mso-ansi-language: EN-US"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; LINE-HEIGHT: 115%; mso-ansi-language: EN-US"><o:p><FONT 
face=Calibri><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Hi 
gmx-users,<o:p></o:p></SPAN></DIV></FONT></o:p></SPAN></SPAN></SPAN></FONT></SPAN></SPAN></SPAN></FONT>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Well, with respect to -p option I understand what 
mean (principal component axes), but when -p is no&nbsp;placed in the command it 
is&nbsp;not clear, to me, how the program is working.&nbsp;</FONT><FONT 
face=Arial></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=Apple-style-span 
style="WORD-SPACING: 0px; FONT: medium 'Times New Roman'; TEXT-TRANSFORM: none; COLOR: rgb(0,0,0); TEXT-INDENT: 0px; WHITE-SPACE: normal; LETTER-SPACING: normal; BORDER-COLLAPSE: separate; orphans: 2; widows: 2; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px"><SPAN 
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lang=EN-US 
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face=Calibri><SPAN lang=EN-US 
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<DIV><FONT face=Arial size=2><SPAN class=Apple-style-span 
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style="FONT-SIZE: 12pt; LINE-HEIGHT: 115%; mso-ansi-language: EN-US"><o:p><FONT 
face=Calibri><SPAN lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Hi 
gmx-users,<o:p></o:p></SPAN></DIV>
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<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 10pt; LINE-HEIGHT: normal"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL"><o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 10pt; LINE-HEIGHT: normal"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">With 
respect to g_gyrate, Which is the algorithm difference between the default 
output and output with -p in g_gyrate? I have plotted both outputs one with -f 
-s -o and other with -f -s -o -p and the graphics are very different between 
both outputs</SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 10pt; LINE-HEIGHT: normal"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Thank 
you in advance<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 10pt; LINE-HEIGHT: normal"><SPAN 
lang=EN-US 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">veduardo.<o:p></o:p></SPAN></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0cm 0cm 10pt; LINE-HEIGHT: normal"><SPAN 
style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: ES-CL; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Lab. 
de&nbsp; Fisicoquímica Molecular<o:p></o:p></SPAN></P>
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style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: ES-CL; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Facultas 
de Ciencias</SPAN></P>
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style="FONT-SIZE: 12pt; COLOR: black; FONT-FAMILY: 'Times New Roman','serif'; mso-ansi-language: EN-US; mso-fareast-font-family: 'Times New Roman'; mso-fareast-language: ES-CL">Universidad 
de Chile<o:p></o:p></SPAN></P>
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face=Arial size=2></FONT></FONT></o:p></SPAN>&nbsp;</P>
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