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I finally managed to track down the bug with the charge group assignment.<br>I turned out to be in specific code that hardcoded renames H1, H2 and H3<br>to H in the N-terminus only when matching atoms to the topology<br>(the horrendous pdb2gmx again...).<br><br>I fixed it for 4.0.6 and 4.1.<br>But this will have very little effect on simulations, only AMBER with v-sites<br>simulations will crash, due to the combination with the other bug I fixed.<br>And the amber vsite files are not officially released.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 1 Oct 2009 15:13:04 +0200<br>&gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] vsites, ffamber, charge groups, N-terminus,        and        crashes<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess wrote:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I just ran pdb2gmx (4.0.5 and git master) with AMBER on a test di-peptide.<br>&gt; &gt; But for me all H's in the NH3 terminus always end up in different <br>&gt; &gt; charge-groups.<br>&gt; &gt; No matter if I use v-sites or not and if use -ignh or not.<br>&gt; &gt; So I don't understand how you managed to get the H's in the same <br>&gt; &gt; charge group.<br>&gt; Weird, I always get the H's in separate charge groups. I tried with <br>&gt; older and newer pdb2gmx, amber03, amber99sb. I and compared with some <br>&gt; older stuff from 1-2 years ago. I had the H's in the terminal always in <br>&gt; separate charge groups...<br>&gt; <br>&gt; But I don't think it will make a difference, so I'll just stick to these <br>&gt; CGs.<br>&gt; <br>&gt; Btw, the bug seemed to have fixed the problem, the simulations running <br>&gt; now for a couple of ns. So thanks again for the bugfix.<br>&gt; <br>&gt; Jochen<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Date: Wed, 30 Sep 2009 18:14:06 +0200<br>&gt; &gt; &gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] vsites, ffamber, charge groups, N-terminus, <br>&gt; &gt; and crashes<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Berk Hess wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Are you 100% sure you have no other charge groups in your system<br>&gt; &gt; &gt; &gt; that consist of only virtual sites, but at least with 2 virtual sites?<br>&gt; &gt; &gt; Ah, you're right. One of the CG which caused the crash is the <br>&gt; &gt; following,<br>&gt; &gt; &gt; with 2 H's in one CG:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 1 amber99_39 1 NPRO N 1 -0.202 16.026 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot -0.202<br>&gt; &gt; &gt; 2 amber99_17 1 NPRO H1 2 (!) 0.312<br>&gt; &gt; &gt; 0 ; qtot 0.11<br>&gt; &gt; &gt; 3 amber99_17 1 NPRO H2 2 (!) 0.312 0<br>&gt; &gt; &gt; ; qtot 0.422<br>&gt; &gt; &gt; 4 amber99_11 1 NPRO CD 3 -0.012 14.026 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.41<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Note however, that the CG which also caused crashes was different, with<br>&gt; &gt; &gt; 2 vsites and 1 heavy atom in the same group, plus a separate CG with 3<br>&gt; &gt; &gt; hydrogens. According to the lincs warning and 1-4 distance error, the<br>&gt; &gt; &gt; hydrogens seemed to be involved. Typically the warning/error mentioned<br>&gt; &gt; &gt; the hydrogen to have moved/rotated too much:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; 1 MNH3 1 NASN MN1 1 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0<br>&gt; &gt; &gt; 2 MNH3 1 NASN MN2 1 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0<br>&gt; &gt; &gt; 3 amber99_39 1 NASN N 1 0.1801 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.1801<br>&gt; &gt; &gt; 4 amber99_17 1 NASN H1 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.3722<br>&gt; &gt; &gt; 5 amber99_17 1 NASN H2 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.5643<br>&gt; &gt; &gt; 6 amber99_17 1 NASN H3 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.7564<br>&gt; &gt; &gt; 7 amber99_11 1 NASN CA 3 0.0368 13.018 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.7932<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I just fixed a bug with this situation for 4.0.6 and 4.1.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; You can try the git master or 4.0 release branch.<br>&gt; &gt; &gt; I will get the lates gmx with your bugfix and write back if the crashes<br>&gt; &gt; &gt; still appear.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; I don't understand why only your terminal NH3 becomes a single charge<br>&gt; &gt; &gt; &gt; group,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; unless the hydrogens were generated with the .hdb file,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; while they were present for all other NH3 groups.<br>&gt; &gt; &gt; I don't understand that either. The result is the same no matter if I<br>&gt; &gt; &gt; use -ignh, or if the hydrogens are present in the input gro file or <br>&gt; &gt; not.<br>&gt; &gt; &gt; For examle, using<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; pdb2gmx -f asn[-h].gro -ff amber99sb [-ignh]<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; with asn-h.gro or asn.gro are just the ASN at the N-terminus (with or<br>&gt; &gt; &gt; without hydrogens), e.g. asn-h.gro:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Gallium Rubidium Oxygen Manganese Argon Carbon Silicon<br>&gt; &gt; &gt; 8<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN N 1423 0.062 -1.317 1.235<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN CA 1427 0.109 -1.209 1.154<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN CB 1429 0.233 -1.249 1.073<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN CG 1432 0.213 -1.368 0.981<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN OD1 1433 0.263 -1.478 1.005<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN ND2 1434 0.143 -1.345 0.867<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN C 1437 0.003 -1.148 1.068<br>&gt; &gt; &gt; 97NASN O 1438 0.033 -1.090 0.964<br>&gt; &gt; &gt; 0.00000 0.00000 0.00000<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; The written topology is:<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; [ atoms ]<br>&gt; &gt; &gt; ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass<br>&gt; &gt; &gt; typeB chargeB massB<br>&gt; &gt; &gt; 1 amber99_39 1 NASN N 1 0.1801 14.01 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.1801<br>&gt; &gt; &gt; 2 amber99_17 1 NASN H1 2 0.1921 1.008 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.3722<br>&gt; &gt; &gt; 3 amber99_17 1 NASN H2 2 0.1921 1.008 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.5643<br>&gt; &gt; &gt; 4 amber99_17 1 NASN H3 2 0.1921 1.008 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.7564<br>&gt; &gt; &gt; 5 amber99_11 1 NASN CA 3 0.0368 12.01 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.7932<br>&gt; &gt; &gt; 6 amber99_28 1 NASN HA 4 0.1231 1.008 ;<br>&gt; &gt; &gt; qtot 0.9163<br>&gt; &gt; &gt; ...<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Weird. The same thing happens by the way with a proline N-terminus, no<br>&gt; &gt; &gt; matter if hydrogens are present before pdb2gmx or not.<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; So thanks a lot for the help,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Jochen<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Date: Wed, 30 Sep 2009 16:45:39 +0200<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Subject: Re: [gmx-users] vsites, ffamber, charge groups, <br>&gt; &gt; N-terminus,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; and crashes<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Hey Berk,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I just found that the simulation with a separate CG on each atom <br>&gt; &gt; also<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; crashed, but much later (after 11ns), that why I just noticed <br>&gt; &gt; that. I<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; have repeated the simulations now to make really sure that the <br>&gt; &gt; crashes<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; are reproducible.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Jochen<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Jochen Hub wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; I have only tested on 8 nodes, and 4 x 2 x 1 DD. Should I try<br>&gt; &gt; &gt; &gt; someting<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; else?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Jochen<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Berk Hess wrote:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; One question:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Are these crashes single processor, with domain <br>&gt; &gt; decomposition, or<br>&gt; &gt; &gt; &gt; both?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Berk<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Date: Wed, 30 Sep 2009 15:35:42 +0200<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Subject: [gmx-users] vsites, ffamber, charge groups, <br>&gt; &gt; N-terminus,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; and crashes<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; I have been trying to use vsites with AMBER99SB, but the <br>&gt; &gt; simulation<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; frequently cashes after a few hundred ps with the suspects <br>&gt; &gt; (lincs<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; warnings, 1-4 distance error). I could pinpoint the problem to<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; erroneous<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; charge group assignments generated by pdb2gmx at the NH3 group<br>&gt; &gt; &gt; &gt; at the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; N-terminus. The following charge group assignments caused the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; error:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; ; nr type resnr residue atom cgnr charge mass<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 1 MNH3 1 NASN MN1 1 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 2 MNH3 1 NASN MN2 1 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 3 amber99_39 1 NASN N 1 0.1801 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.1801<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 4 amber99_17 1 NASN H1 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.3722<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 5 amber99_17 1 NASN H2 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.5643<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 6 amber99_17 1 NASN H3 2 0.1921 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.7564<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 7 amber99_11 1 NASN CA 3 0.0368 13.018 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.7932<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; ...<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; The NH3 groups in the lysines were fine and did not cause any<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; error. The<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; only difference compared to the N-terminus is that each of the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; three H<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; in the NH3 has its own charge group, but the vsites and the <br>&gt; &gt; N are<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; still<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; in the same CG:<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 30 amber99_11 2 LYP CE 29 -0.0143 14.026 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.9937<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 31 amber99_28 2 LYP HE1 30 0.1135 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.107<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 32 amber99_28 2 LYP HE2 31 0.1135 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.221<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 33 MNH3 2 LYP MNZ1 32 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.221<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 34 MNH3 2 LYP MNZ2 32 0 8.517 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.221<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 35 amber99_39 2 LYP NZ 32 -0.3854 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 0.8353<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 36 amber99_17 2 LYP HZ1 33 0.34 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.175<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 37 amber99_17 2 LYP HZ2 34 0.34 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.515<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 38 amber99_17 2 LYP HZ3 35 0.34 0 ;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; qtot 1.855<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Alternatively, I have also tried to give every single atom<br>&gt; &gt; &gt; &gt; (including<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; the vsites MN??) a separate charge group, which also worked <br>&gt; &gt; fine.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 1)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; So, is there any reason why the dummies should be in the same<br>&gt; &gt; &gt; &gt; CG as<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; nitrogen? Or should it be fine just to assign a separate CG to<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; every atom?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; 2)<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Is a bug report appreciated on that issue?<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Best,<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Jochen<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search <br>&gt; &gt; before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; See all the ways you can stay connected to friends and family<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before<br>&gt; &gt; &gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Express yourself instantly with MSN Messenger! MSN Messenger<br>&gt; &gt; &gt; &gt; &lt;http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/&gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; <br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; &gt; &gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; &gt; &gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; &gt; &gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; &gt; &gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; See all the ways you can stay connected to friends and family <br>&gt; &gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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