<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;}
@page Section1
        {size:595.3pt 841.9pt;
        margin:70.85pt 70.85pt 70.85pt 70.85pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial'>Dear
GROMACS users,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial'>most
likely I am asking a trivial question but I need to be sure about it for
calculations of heat capacity based on the fluctuations of energy in canonical
ensemble. I am doing simulation of water using TIP4P model. I compare two
systems consisting of 216 and 8*216 = 1728 molecules. The expected fluctuations
for the larger system should be reduced 8^(1/2)=2.83 times with respect to the
fluctuations of the smaller system. Actually, this applies only to the
fluctuations in intensive properties such as the temperature, pressure and density
while the fluctuations in extensive properties such as energies exceed about
2.83 times the corresponding fluctuations for smaller system. Could you explain
me the inverse ratio of fluctuations? <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial'>I
have also one question regarding the heat capacity calculation. If I want to
apply the formula for canonical ensemble (&lt;E^2&gt;-&lt;E&gt;^2)/(kbT^2) than
the capacity should be size dependent. I am a bit puzzled about it and any
explanation would be very helpful for me. Thanks in advance<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span style='font-size:10.0pt;line-height:150%;font-family:Arial'>Zuzana.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal style='text-align:justify;line-height:150%'><font size=2
face=Arial><span lang=EN-GB style='font-size:10.0pt;line-height:150%;
font-family:Arial'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>