<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<SPAN style="FONT-FAMILY: Verdana; FONT-SIZE: 10pt; mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB>Hi,<BR>I am trying to simulate an organic system which has a planar-square Pt center. To mantain the planar&nbsp;geometry of the metal, I have thought&nbsp;about 2 possibilities:<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></SPAN><BR>
<SPAN style="FONT-FAMILY: Verdana; FONT-SIZE: 10pt; mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB>-introduce&nbsp;2 dummy atoms&nbsp;at the axial possitions of the metal; however, I&nbsp;get errors complaining about these extra atoms has mass 0. <BR>I have read the manual and also looked at the GMX list, and I have found that other people have also&nbsp;found problems of these type. I have read that in case such as acetonitrile the advice was to redistribute the mass over N and CH3 such that centre of mass is unchanged and inertia tensor is not modified too much either. Should I do something similar in my case? Which mass should I redistribute? The mass of the whole molecule?&nbsp;<o:p></o:p></SPAN><BR>
<SPAN style="FONT-FAMILY: Verdana; FONT-SIZE: 10pt; mso-ansi-language: EN-GB" lang=EN-GB>-increase the&nbsp;harmonic restraints for angles where&nbsp;the metal is involved. Would this approximation would be as correct as the one mentioned before or would it better to use dummy atoms?<BR>&nbsp;<BR>Thank you very much for your help in advance.<BR>&nbsp;<BR>Best wishes,<BR>&nbsp;<BR>Dr. Rebeca Garcia<BR>Universidad de A Coruña<BR>Spain<o:p></o:p></SPAN><BR>                                               <br /><hr />Comparte tus fotos con tus amigos. Más fácil con <a href='http://download.live.com' target='_new'>Windows Live</a></body>
</html>