Hi,<br>Here's my mdp file:<br><br>*********************************+<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Martini<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<br>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.03<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 200000<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000<br>xtc_precision&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = NN<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br>&nbsp;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift<br>rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.0<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 15<br>vdw_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Shift<br>rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.9<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = No<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Berendsen<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = NN<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 473529<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = none<br>constraint_algorithm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Lincs<br>unconstrained_start&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4<br>lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 30<br>***********************************<br><br>and my top file:<br>*************************<br>#include "martini_v21.itp"<br>#include "nn_num.itp"<br><br>[ system ]<br>NN CHAIN<br><br>[ molecules ]<br>NN 1<br>**************************<br><br>where the nn_num.itp looks like:<br><br>************************************<br>;<br>; Topology file for NN<br>;<br>;<br>[ moleculetype ]<br>; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>NN &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>&nbsp;[atoms]<br>; id<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; NN&nbsp;&nbsp; S01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 0.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; P4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; NN&nbsp;&nbsp; P02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 0.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; NN&nbsp;&nbsp; B03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 0.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; P4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; NN&nbsp;&nbsp; P04&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 0.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; NN &nbsp; B05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 0.0<br>..............................<br>&nbsp;[bonds]<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp;&nbsp; table_nr&nbsp;&nbsp;&nbsp; force.c.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 6......................<br>.................................<br>[angles]<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; k&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; r0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; force.c.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.000<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.000&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .........................................<br><br>************************************************<br>Thank you<br><br>AM<br>
<br>
----Messaggio originale----<br>Da: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>Data: 5-ott-2009 11.19 PM<br>A: "Discussion list for GROMACS users"&lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br>Ogg: Re: R: RE: R: RE: R: RE: R:[gmx-users] Tabulated potential - Problem<br><br>albitauro@virgilio.it wrote:<br>&gt; Hi,<br>&gt; I came back to my original stretching potential in tabulated form and I <br>&gt; have still problems...<br>&gt; when running a geometry optimization the results are like that:<br>&gt; <br>&gt; *************************************************<br>&gt; ^MStep 635, Epot=2.259501e+02, Fnorm=4.086e+00, Fmax=1.886e+01 (atom 34)<br>&gt; ^MStep 636, Epot=2.259499e+02, Fnorm=3.847e+00, Fmax=1.992e+01 (atom 33)<br>&gt; ^MStep 637, Epot=2.259495e+02, Fnorm=1.002e+01, Fmax=5.408e+01 (atom 33)<br>&gt; ^MStep 638, Epot=2.259449e+02, Fnorm=1.026e+01, Fmax=4.098e+01 (atom 34)<br>&gt; ^MStep 639, Epot=2.259393e+02, Fnorm=2.193e+01, Fmax=1.159e+02 (atom 35)<br>&gt; ^MStep 640, Epot=2.259364e+02, Fnorm=1.469e+01, Fmax=7.064e+01 (atom 34)<br>&gt; ^MStep 641, Epot=2.259335e+02, Fnorm=1.281e+01, Fmax=7.154e+01 (atom 34)<br>&gt; ^MStep 642, Epot=2.259315e+02, Fnorm=5.803e+00, Fmax=2.861e+01 (atom 35)<br>&gt; ^MStep 643, Epot=2.259314e+02, Fnorm=6.332e+00, Fmax=3.116e+01 (atom 34)<br>&gt; ^MStep 644, Epot=2.259310e+02, Fnorm=3.550e+00, Fmax=1.502e+01 (atom 34)<br>&gt; <br>&gt; Stepsize too small, or no change in energy.<br>&gt; Converged to machine precision,<br>&gt; but not to the requested precision Fmax &lt; 0.1<br>&gt; ************************************************************************************<br>&gt; <br>&gt; as if the system is frozen. My system here is an isolated, linear and <br>&gt; finite-length chain.<br>&gt; When running an md simulation I got the error:<br>&gt; <br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.5<br>&gt; Source code file: bondfree.c, line: 1772<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; A tabulated bond interaction table number 0 is out of the table range: r <br>&gt; 1.815411, between table indices 1815 and 1816, table length 1001<br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; The tabulated potential is uniformly spaced, the bond type is 8 to <br>&gt; exclude LJ interaction between bonded atoms, nrexcl=1 to include 1-3 <br>&gt; interactions (as required by MARTINI force field). <br><br>That seems like it should work.<br><br>&gt; The same system does <br>&gt; not have any problem when running simulation with an harmonic stretching <br>&gt; potential in both numerical and analytical form.<br>&gt; Does anyone have any suggestion for possible solutions or error in the <br>&gt; input?<br><br>Running gmxcheck between various .tpr files may be instructive, e.g. one <br>file may have many more nonbonded interactions, or such. Otherwise, <br>posting your .mdp file and the start of your .top may help us spot a <br>problem.<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br><br>