<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Wed, 7 Oct 2009 15:51:00 +0200<br>&gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] vsites and lincs-order<br>&gt; <br>&gt; All right, thanks!<br>&gt; <br>&gt; Since you mention energy conservation, maybe it would be worth adding <br>&gt; notes or a warnings into pdb2gmx if the time step is large. First, if <br>&gt; lincs-order is 4 (instead of 6) and second (more important), if nstlist <br>&gt; is not reduced with increasing dt. I strongly feel that most people who <br>&gt; use vsites forget to reduce nstlist accordingly.<br>&gt; <br><br>grompp you mean, I guess?<br><br>&gt; I have played a bit with timestep and nstlist and checked the energy <br>&gt; drift - apparently neighbor searching should be done at least every <br>&gt; 20fs. With less frequent neighbor searching the energy drift increases <br>&gt; drastically (with PME and LJ-cutoff, what people typically use). Now <br>&gt; imagine a time step of 5fs, with the standard nstlist=10, yields <br>&gt; neighbor searching only every 50fs. In my test system that increased the <br>&gt; energy drift by a factor of 10-20 compared to the case where neighbor <br>&gt; searching was done every 20fs.<br><br>We can not do such things.<br>Gromacs is not a atomistic, protein specific simulations package.<br>For other systems, masses, etc. such settings could be fine.<br>Moreover, grompp can not easily check for this specific type of vsite use.<br>TIP4p, for instance, also contains a vsite.<br><br>It has happened that someone put in similar checks in grompp, but this can be<br>EXTREMELY annoying when you use different systems.<br><br>Berk<br><br>&gt; <br>&gt; Jochen<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Berk Hess wrote:<br>&gt; &gt; My P-Lincs paper http://dx.doi.org/10.1021/ct700200b shows that<br>&gt; &gt; with order 6 and a time step of 4 fs you get roughly the same <br>&gt; &gt; constraint accuracy<br>&gt; &gt; and energy conservation as without v-sites and a 2 fs time step.<br>&gt; &gt; With order 4 and a 4 fs time step the energy drift is 2.2 times higher <br>&gt; &gt; than with order 6<br>&gt; &gt; (not mentioned in the paper). This is not a very large difference.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I recall that some time ago I decided to change the default lincs <br>&gt; &gt; order to 6<br>&gt; &gt; (I have not done this yet), but unfortunately now I don't recall what <br>&gt; &gt; issue<br>&gt; &gt; made me decide that the current default accuracy is not high enough.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Berk<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Date: Wed, 7 Oct 2009 13:16:52 +0200<br>&gt; &gt; &gt; From: jochen@xray.bmc.uu.se<br>&gt; &gt; &gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; Subject: [gmx-users] vsites and lincs-order<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; the manual suggests lincs-order = 6 when using large time steps (4-5 <br>&gt; &gt; fs,<br>&gt; &gt; &gt; with vsites). Has anyone experience how severe that issue is. Has <br>&gt; &gt; anyone<br>&gt; &gt; &gt; observed artefacts with lincs-order=4 and large time steps?<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Thanks a lot,<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; Jochen<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; --<br>&gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; &gt; &gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; &gt; &gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; &gt; &gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; &gt; &gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; &gt; &gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; &gt; &gt;<br>&gt; &gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; &gt; gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before <br>&gt; &gt; posting!<br>&gt; &gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; &gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; What can you do with the new Windows Live? Find out <br>&gt; &gt; &lt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx&gt;<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; Dr. Jochen Hub<br>&gt; Molecular Biophysics group<br>&gt; Dept. of Cell &amp; Molecular Biology<br>&gt; Uppsala University. Box 596, 75124 Uppsala, Sweden.<br>&gt; Phone: +46-18-4714451 Fax: +46-18-511755<br>&gt; ---------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
</html>