<div>Hello gmx users. </div><div>I have tried to calculate the enthalpy of vaporization of</div><div>toluene liquid, which is about 38kJ/mol (exp. value) using </div><div>the OPLS-UA model (7 sites). I generated the toluene topology </div>
<div>adapting a template provided by PRODRG. I have obtained acceptable</div><div>value for density and structure of the liquid, but for the enthalpy </div><div>the value is much lower than expected; 18kJ/mol. </div><div>
<br></div><div>I know there are subtleties in the treatment of aromatic systems. </div><div>At Gmx users list I found some tips (see for example <a href="http://oldwww.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2009-January/002965.html">http://oldwww.gromacs.org/pipermail/gmx-developers/2009-January/002965.html</a> ), </div>
<div>but still I can not solve the problem.</div><div><br></div><div>I already tried numerous ways to circumvent this problem </div><div>and none worked well. It seems to me the problem may lie </div><div>in the definition of the dihedrals. </div>
<div><br></div><div>Below is the topology that I have used and the main simulation </div><div>parameters used. If someone can help me I would be very grateful. </div><div>Bests </div><div>eef</div><div><br></div><div>**** toluene.itp ****</div>
<div>[ moleculetype ]</div><div>; Name nrexcl</div><div>TOL      3</div><div><br></div><div>[ atoms ]</div><div>;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass</div><div>     1      opls_067     1  TOL     CH3    1    0.000  15.0350</div>
<div>     2      opls_076     1  TOL     CB     1    0.000  12.0110</div><div>     3      opls_075     1  TOL     CD     1    0.000  13.0190</div><div>     4      opls_075     1  TOL     CD     1    0.000  13.0190</div><div>
     5      opls_075     1  TOL     CD     1    0.000  13.0190</div><div>     6      opls_075     1  TOL     CD     1    0.000  13.0190</div><div>     7      opls_075     1  TOL     CD     1    0.000  13.0190</div><div><br>
</div><div>[ bonds ]</div><div>; ai  aj  fu    c0, c1, ...</div><div>   1   2   1    0.153    334720.0    0.153    334720.0 ;   CH3  CB</div><div>   2   3   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CB  CD</div><div>
   2   7   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CB  CD</div><div>   3   4   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CD  CD</div><div>   4   5   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CD  CD</div>
<div>   5   6   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CD  CD</div><div>   6   7   1    0.141    418400.0    0.141    418400.0 ;   CD  CD</div><div><br></div><div>[ angles ]</div><div>; ai  aj  ak  fu    c0, c1, ...</div>
<div>   1   2   3   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CH3  CB  CD   </div><div>   1   2   7   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CH3  CB  CD   </div><div>   3   2   7   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CD  CB  CD   </div>
<div>   2   3   4   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CB  CD  CD   </div><div>   3   4   5   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CD  CD  CD   </div><div>   4   5   6   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CD  CD  CD   </div>
<div>   5   6   7   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CD  CD  CD   </div><div>   2   7   6   1    120.0       418.4    120.0       418.4 ;   CB  CD  CD   </div><div><br></div><div><br></div><div>[ dihedrals ]</div>
<div>; ai  aj  ak  al  fu    c0, c1, m, ...</div><div>   2   7   3   1   2          0.0     1673.6           ; imp   CB  CD  CD  CH3   </div><div>   2   3   4   5   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CB  CD  CD  CD   </div>
<div>   3   4   5   6   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CD  CD  CD  CD   </div><div>   4   5   6   7   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CD  CD  CD  CD   </div><div>   5   6   7   2   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CD  CD  CD  CB   </div>
<div>   6   7   2   3   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CD  CD  CB  CD   </div><div>   7   2   3   4   1        180.0     12.9704      2   ; imp   CD  CB  CD  CD   </div><div><br></div><div><br></div><div>**** toluene.mdp ****</div>
<div>integrator               = md  </div><div>nstlist                  = 5</div><div>ns_type                  = grid</div><div>pbc                      = xyz</div><div>rlist                    = 1.2</div><div>domain-decomposition     = no</div>
<div>coulombtype              = Cut-off</div><div>rcoulomb-switch          = 0</div><div>rcoulomb                 = 1.2</div><div>vdw-type                 = Cut-off</div><div>rvdw-switch              = 0</div><div>rvdw                     = 1.2</div>
<div>DispCorr                 = EnerPres</div><div>table-extension          = 1</div><div>energygrp_table          = </div><div>fourierspacing           = 0.12</div><div>Tcoupl                   = berendsen</div><div>tc-grps                  = System</div>
<div>tau_t                    = 0.1</div><div>ref_t                    = 300</div><div>Pcoupl                   = No</div><div>Pcoupltype               = isotropic</div><div>tau_p                    = 1</div><div>compressibility          = 5.0e-5</div>
<div>ref_p                    = 1.1</div><div>constraints              = none</div><div>constraint-algorithm     = Lincs</div><div>unconstrained-start      = no</div><div>energygrp_excl           = </div><div><br></div><div>
**** toluene.gro ****</div><div><div> PRODRG COORDS</div><div>    7</div><div>    1TOL  CH3      1   0.159  -0.143  -0.050</div><div>    1TOL  CB       2   0.154  -0.227   0.078</div><div>    1TOL  CD       3   0.224  -0.349   0.084</div>
<div>    1TOL  CD       4   0.219  -0.426   0.203</div><div>    1TOL  CD       5   0.145  -0.379   0.313</div><div>    1TOL  CD       6   0.075  -0.256   0.308</div><div>    1TOL  CD       7   0.080  -0.180   0.189</div><div>
   0.51300   0.51300   0.51300</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>CEP 09210-971<br>+55.11.4437-0196<br><a href="http://fileti.ufabc.edu.br">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>