Hi There,<br>While running a parallel MD simulation, I got following message while playing with parameters:<br>NOTE 3 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>  The optimal PME mesh load for parallel simulations is below 0.5<br>  and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,<br>
  for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing<br>---------------------------<br><br>I don&#39;t have any idea when a run should be called a highly parallel simulation?<br>Is it depend on problem-size or the number of processor we are using?<br>
<br>I am trying to optimize my simulation to run on 224 processors and system consist of:<br><br>Total atom count = 54640<br>where water molecules = 17074<br><br>Also, I am getting following message while running grompp<br>
---------------------------------<br>NOTE 1 [file md.mdp, line unknown]:<br>  The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>  distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.<br>
------------------------------------<br>Any insight in the above message will be highly appreciated.<br><br>Please advice me how to optimize the parameters to run the simulation with maximum efficiency.<br><br>With thanks in advance,<br>
Vivek<br><br>