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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>I am very hesitant to put in such checks.<br>In most cases they would not be necessary.<br>I a few cases it would help a user that does not know exactly would he/she is doing.<br>But I don't like to make life harder for people who do know what they are doing<br>and are simulating systems that are not the "standard" atomistic biomolecular simulations.<br><br>I said this before this week in another thread:<br>having grompp stop (which it does now with one warning) when you know what you<br>are doing is EXTREMELY annoying, already on the command line, but even more in scripts.<br>This has happened to me when someone had added some absolute range checks<br>on some mdp parameter, which would always work for atomistic biomolecular simulations,<br>but not for, for instance, dimensionless simulations.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 8 Oct 2009 23:46:03 +1100<br>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] Load imbalance and Y size error<br>&gt; <br>&gt; Berk Hess wrote:<br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Do not "randomly" change the fourierspacing.<br>&gt; &gt; Are you really using PME in vacuum?<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; The box size can only change if you have pressure coupling turned on,<br>&gt; &gt; which should, obviously, should not do in vacuum.<br>&gt; <br>&gt; This suggests adding a warning about pressure coupling when the atomic <br>&gt; distribution is strongly non-homogeneous... but what's an easy test for <br>&gt; that? Is a 3x3x3 grid search in grompp out of the question? More than <br>&gt; 50% variation in atom number density per grid volume would probably pick <br>&gt; up vacuum simulations but not show false-positive membrane simulations.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
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