Hi Gromacs users,<div>    I am new to Gromacs, and now setting up one very simple system to test Gromacs+Martini. (one protein with solvent surrounded)</div><div>    When I run the MD and saw the trajectory, the protein seems go around randomly, and across the box size. Because Periodic Boundary Condition, it will come back from the other side. But I don&#39;t know <b>whether the across box size movement will actually cause some problem about protein structure or dynamics</b>?</div>
<div><br></div><div>    In my mdout.mdp file, I can see:</div><div>        comm-mode = Linear</div><div>        nstcomm = 1</div><div>        comm-grps  =                      (default, should be system)</div><div>   </div>
<div>    Thank you in advance!</div><div><br></div><div>Sincerely</div><div>Pan</div><div><br></div>
<div>    </div><div><br>-- <br>Sincerely<br>=================================<br>Pan Wu<br>Graduate Student in Department of Chemistry<br>Duke University<br>124 Science Drive<br>5301 French Family Science Center<br>Durham, NC 27708<br>

Phone: (919) 660-1583<br>=================================<br><br>
</div>