<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><DIV>Hello</DIV>
<DIV>I want to analyze the RMSF fluctuation of each residue of a protein during a simulation run. I am giving the command </DIV>
<DIV>g_rmsf -f md.xtc -s md.tpr -b 4000 -e 6000 -o traj_rmsf.xvg -ox traj_avg.pdb. Then I am selecting the whole protein for the analysis. I am getting the RMSF per atom in the .xvg file and I have to plot the graph as RMSF versus atom no.&nbsp;but I want&nbsp; to have the RMSF of each amino acid residue.How Can I get the RMSF of each residue , what is the command for that?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Subarna</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV></div><br>
      <!--5--><hr size=1></hr> Now, send attachments up to 25MB with Yahoo! India Mail. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_galaxy_2/*http://in.overview.mail.yahoo.com/photos" target="_blank">Learn how</a>.</body></html>