Gromacs users,<div><br></div><div>I have a small test system of about 2500 atoms which consists on a few organic molecules in a box of water. I&#39;m trying to use distance restraints to keep each molecule apart from each other and I&#39;ve failed until now.</div>


<div><br></div><div>I&#39;ll start by saying that the simulation runs smoothly without using distance restraints and that I&#39;ve created a single molecule topology that describes all organic molecules, allowing the use of distance restraints. By applying just one distance restraint between two atoms of different molecules, the simulation still runs without problems. When I apply all the distance restraints I want, the system crashes in the first few steps with an XTC error, which is preceded by a few inconsistent shifts and some LINCS warnings. Varying the number of restraints that I use, makes the crash happen at later steps (500ish), meanwhile giving a lot of inconsistent shifts before crashing with a fatal error: <span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse;color:rgb(2, 19, 36);white-space:pre">Number of grid cells is zero. I know it seems I&#39;m experimenting blindly, but varying the number of restraints was the first that occurred to me.</span></div>


<div><font color="#021324" face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse;white-space:pre">
</span></font></div><div><span style="font-size:13px"></span><font color="#021324" face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse;white-space:pre">I&#39;ve searched the list for similar problems and tried a few more tests. I&#39;ve turned off LINCS and reduced the time step and it didn&#39;t solve the problem, the box blew up after a few steps due to pressure problems. Since it could be a PBC problem, I tried to increase the size of the box, but it didn&#39;t solve the problem. Turning of PBC did solve the problem, but I really need PBC. I&#39;ve also changed the low, up1 and up2 to values inferior to half the box size (I don&#39;t even care about the up1 and up2 values in this application, and I was setting them to 5.0 nm before), but it didn&#39;t solve the problem either. I&#39;m a little on a dead end here and I was hoping anyone could give me some insight.<br clear="all">

<br></span></font></div><div><font class="Apple-style-span" color="#021324" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre;">By the way, I&#39;m using GROMACS 4.</span></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#021324" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre;"><br></span></font></div><div><font color="#021324" face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse;white-space:pre">Thanks in advance and sorry if I sounded confusing.</span></font></div>

<div><font class="Apple-style-span" color="#021324" face="arial, sans-serif"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: collapse; white-space: pre;"><br></span></font></div><div><font color="#021324" face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse;white-space:pre">Best regards,</span></font></div>

<div><font color="#021324" face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse:collapse;white-space:pre">Joćo
</span></font><br>-- <br>Joćo M. Damas<br>PhD Student<br>Protein Modelling Group<br>
ITQB-UNL, Oeiras, Portugal<br>Tel:+351-214469613<br>
</div>