What do you mean by mutually inconsistent? From what I understand, they aren&#39;t.<br><br>Also,
[bonds] type 6 won&#39;t work for what I want, since I don&#39;t want to keep
the molecules at a fixed distance but to prevent them from coming
closer, i.e. I want a potential that depends on the distance between
the atoms.<br>
<br>Testing the distance restraints can be quite exhaustive when you
have about 160 restraints, and I am considering just the test case I&#39;m
trying, not the actual system which will have some more organic
molecules, which will lead to a greater amount of combination of
restraints...<br>
<br>Thanks,<br>Joćo<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 9, 2009 at 12:51 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div><div></div><div class="h5">Joćo M. Damas wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Gromacs users,<br>
<br>
I have a small test system of about 2500 atoms which consists on a few organic molecules in a box of water. I&#39;m trying to use distance restraints to keep each molecule apart from each other and I&#39;ve failed until now.<br>


<br>
I&#39;ll start by saying that the simulation runs smoothly without using distance restraints and that I&#39;ve created a single molecule topology that describes all organic molecules, allowing the use of distance restraints. By applying just one distance restraint between two atoms of different molecules, the simulation still runs without problems. When I apply all the distance restraints I want, the system crashes in the first few steps with an XTC error, which is preceded by a few inconsistent shifts and some LINCS warnings. Varying the number of restraints that I use, makes the crash happen at later steps (500ish), meanwhile giving a lot of inconsistent shifts before crashing with a fatal error: Number of grid cells is zero. I know it seems I&#39;m experimenting blindly, but varying the number of restraints was the first that occurred to me.<br>


I&#39;ve searched the list for similar problems and tried a few more tests. I&#39;ve turned off LINCS and reduced the time step and it didn&#39;t solve the problem, the box blew up after a few steps due to pressure problems. Since it could be a PBC problem, I tried to increase the size of the box, but it didn&#39;t solve the problem. Turning of PBC did solve the problem, but I really need PBC. I&#39;ve also changed the low, up1 and up2 to values inferior to half the box size (I don&#39;t even care about the up1 and up2 values in this application, and I was setting them to 5.0 nm before), but it didn&#39;t solve the problem either. I&#39;m a little on a dead end here and I was hoping anyone could give me some insight.<br>


<br>
By the way, I&#39;m using GROMACS 4.<br>
</blockquote>
<br></div></div>
The simplest explanation is that your sets of distance restraints are mutually inconsistent. This destabilizes the system and eventually leads to your symptoms. Consider using [bonds] type 6, per advice of manual section 4.3.4. Either way, if you add these restraints one by one after testing that the previous set seemed to work OK (didn&#39;t crash, trajectory looks right), you may uncover your issue.<br>


<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Joćo M. Damas<br>PhD Student<br>Protein Modelling Group<br>ITQB-UNL, Oeiras, Portugal<br>Tel:+351-214469613<br>