<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>If you use -pi with g_mindist, all the other output options are ignored.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Fri, 9 Oct 2009 14:24:00 +0200<br>&gt; From: cseifert@bph.ruhr-uni-bochum.de<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: [gmx-users] g_mindist<br>&gt; <br>&gt; Dear Mr. Gromacs, ;-)<br>&gt; and hello to everybody!<br>&gt; <br>&gt; When I use g_mindist with a Syntax like this:<br>&gt; g_mindist -f ./prot.xtc -s ./prot.tpr -n ./prot.ndx<br>&gt; -od ./protein_self.xvg -o prot.out -pi<br>&gt; <br>&gt; Then I just get the xvg file with the distance of the group (I selected<br>&gt; C-alphas) with its periodic image. The xvg file look familiar and<br>&gt; correct, but the prot.out file is not created. There is no warning or<br>&gt; error.<br>&gt; <br>&gt; I used g_mindist v4.0.5.<br>&gt; <br>&gt; Greetings,<br>&gt; Christian<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; M.Sc. Christian Seifert<br>&gt; Department of Biophysics<br>&gt; University of Bochum<br>&gt; ND 04/67<br>&gt; 44780 Bochum<br>&gt; Germany<br>&gt; Tel: +49 (0)234 32 28363<br>&gt; Fax: +49 (0)234 32 14626<br>&gt; E-Mail: cseifert@bph.rub.de<br>&gt; Web: http://www.bph.rub.de<br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>                                               <br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>