Thank you for the tip. I will try to use it.<div><br></div><div>Amit<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 9, 2009 at 6:10 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Amit Choubey wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi Justin,<br>
<br>
Yes you are right. I didnt fix the periodicity to start with. Could you tell me how to do that, which command to work with?<br>
Thanks.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
Periodicity is corrected using trjconv.  This involves creating a .tpr file of to represent the system and using trjconv -pbc mol -ur compact, or some such equivalent.<br>
<br>
My tutorial gives some information on doing this.  Please see:<br>
<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/membrane_protein/index.html</a><br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
amit<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Fri, Oct 9, 2009 at 5:39 PM, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; wrote:<br>

<br>
<br>
<br>
    Amit Choubey wrote:<br>
<br>
        Dear Gromacs Users,<br>
<br>
        I have been trying to generate a larger lipid system but am<br>
        running into troubles due to improper initial co-ordinates set<br>
        up. Following are the steps i am trying to follow.<br>
<br>
        1. I start with a 128 dppc membrane and use genconf to create a<br>
        larger system. I got the dppc128.pdb from Dr. Peter Tieleman&#39;s<br>
        website.<br>
<br>
<br>
    Did you correct for periodicity before you extended the system?  The<br>
    files distributed by Tieleman are compact representations.<br>
<br>
<br>
        2. I changed my topology file accordingly (change the number of<br>
        DPPC and Water molecules)<br>
<br>
        3. I move on to energy minimization. During the mdrun i see the<br>
        following message :-<br>
<br>
        Warning: 1-4 interaction between 1854 and 1857 at distance 6.249<br>
        which is larger than the 1-4 table size 2.800 nm<br>
        These are ignored for the rest of the simulation<br>
        This usually means your system is exploding,<br>
        if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>
        or with user tables increase the table size<br>
<br>
<br>
    Looks to me like two bonded atoms are across the box from each<br>
    other, which seems to answer my question above :)<br>
<br>
<br>
        I also notice that the max force does not converge to less than<br>
        2000 rather its of the order of 2e+06 .<br>
<br>
        4. I tried to do energy minimization again on the above system<br>
        but the steepest descent could not change the potential energy<br>
        substantially and terminated after less that 20 steps. I again<br>
        noticed the following warning<br>
        Warning: 1-4 interaction between 1854 and 1857 at distance 5.269<br>
        which is larger than the 1-4 table size 2.800 nm<br>
        These are ignored for the rest of the simulation<br>
        This usually means your system is exploding,<br>
        if not, you should increase table-extension in your mdp file<br>
        or with user tables increase the table size<br>
<br>
        5. Now i changed my mdp files to do periodic_molecules = yes .<br>
        Note pbc = xyz has been used as default.<br>
<br>
<br>
    Bad idea.  This option is for &quot;infinite&quot; molecules, like nanotubes<br>
    or graphene sheets that are supposed to extend across the simulation<br>
    box.<br>
<br>
<br>
        Same warnings were printed out during energy minimization.<br>
<br>
        6. I also tried to use the table-extension option and increased<br>
        its value to 10 nm but later the LINCS printed out too many<br>
        warnings and MD could not be done. I know that its not at all a<br>
        good idea to increase the 1-4 cut off.<br>
<br>
<br>
    The standard advice is to fix the problem with the system, not<br>
    change the table-extension.<br>
<br>
<br>
        By the way to be specific the system size was 12 x 12 x 6 in<br>
        nm3. I had 256 lipids and about 7300 water molecules.<br>
                 I believe that this might not be the best way to create a larger<br>
        bilayer system. Could somebody suggest me other ways of doing this?<br>
<br>
<br>
    Fix periodicity, then use genconf.<br>
<br>
    -Justin<br>
<br>
        Any help will be appreciated thank you<br>
<br>
        Amit<br>
<br>
<br>
<br>
        ------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
        _______________________________________________<br>
        gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
        <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
        Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a><br>
        before posting!<br>
        Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
        www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
        &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
        Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
    --     ========================================<br>
<br>
    Justin A. Lemkul<br>
    Ph.D. Candidate<br>
    ICTAS Doctoral Scholar<br>
    Department of Biochemistry<br>
    Virginia Tech<br>
    Blacksburg, VA<br></div>
    jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> &lt;<a href="http://vt.edu" target="_blank">http://vt.edu</a>&gt; | (540) 231-9080<div class="im"><br>
    <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
    ========================================<br>
    _______________________________________________<br>
    gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
    <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
    Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>
    posting!<br>
    Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
    interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
    &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
    Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote><div><div></div><div class="h5">
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>