Hi gmx users,<div>    I am now simulating one protein with solvent, in all atom forcefield, gromacs official distributed version. The pressure of system seems to be unreasonable large, and during the whole process, the box keeps increasing.</div>
<div>    Here is how I set up the system,</div><div>    1. I solvate the proteini use spc216.gro, the log file shows: </div><div>                 Output configuration contains 40990 atoms in 12386 residues</div><div>                 Volume: 412.593 (nm ^3)</div>
<div>                 Density: 1015.79 g/L<br clear="all">                 Number of SOL molecules: 13410</div><div><br></div><div>     2. Then I start to do MD with constrains (40 ps), then MD without constrains.</div><div>
                The md.log shows pressure keeps decrease, start from 5.79 e+02  until at last to about 3.14e+00, so you can see how large the box size is enlarged.</div><div>         However in my setup, what I use for P-coupling is the same:</div>
<div>               Pcoupl = Berendsen</div><div>               Pcoupltype = isotropic</div><div>               tau_p = 0.5</div><div>               compressibility = 4.5e-5</div><div>               ref_p = 1.0</div><div>
<br></div><div>          my integral step size is 1fs, so the tau_p = 0.5 ps should be enough. Also I checked the temperature, it is constant during the MD process. (303K)</div><div>    </div><div>         So from these setup process, I think: the density is correct for solvent water and system; the compressibility is chosen as for standard water, the ref_p is chosen as 1.0. Why the pressure is so large?</div>
<div><br></div><div>      Thank you in advance!<br>-- <br>Sincerely<br>=================================<br>Pan Wu<br>Graduate Student in Department of Chemistry<br>Duke University<br>124 Science Drive<br>5301 French Family Science Center<br>
Durham, NC 27708<br>Phone: (919) 660-1583<br>=================================<br><br>
</div>