Hello everyone!<br>It is given a lipid bilayer containing POPC (280 molecules), POPS (80) and CHL(cholesterol, 40 molecules). <br>When I try to minimize this system in vacuo (steepest descent), I can see the following:<br>
<br><blockquote><blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">Warning: 1-4 interaction between 19 and 34 at distance 4.892 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<br>
</blockquote></blockquote>After that, of course, the system appears to be exploded.<br>(all topologies were generated with ProDrug server)<br><br>I tried to work with different component combinations. For example:<br><br>
280 POPC:            Warning about 1-4 interaction, but system appears to be alive. The 2nd minimization gives normal result with no warnings.<br>80 POPS:              The same.<br>40 CHL:                OK   <br>1POPC+1CHL:     OK<br>
1POPC+1POPS:   OK<br>280POPC+80POPS:    FAIL (warnings like previous, system destruction)<br><br>OK = no warnings, quick convergence.<br><br>280POPC+40CHL and 80POPS+40CHL boxes can be successfully minimized in the same way. But if many POPC and POPS can be found in one box - the resulting system is destroyed.<br>
<br>How can it be fixed?<br><br>Thanks for help!<br>Stanislaw Bobritsky,<br>ChemBio Center, Taras Shevchenko National University, Kiev, Ukraine.<br>