<div>Hello all,</div>
<div> </div>
<div>I am running grommp which kind of goes &quot;successfully&quot; but I am a little concerned about the fact that one of the messages in the terminal says &quot;opening aminoacids.dat file&quot; and in another message says &quot;OTHER: 2000 residues found.&quot; I guess this 2000 is refering to the  2000 water molecules in my system since I am using just pure water and the command line I am using is:</div>

<div>
<p class="cmd">grompp -f waters.mdp -c waters2000_b.gro -p waters2000.top -o watersinput.tpr</p> I did not specify an amino acid file and I am not sure where that statement &quot;opening aminoacids.dat file&quot; is coming from. Will this affect my run?</div>

<div>Please help me out.</div>
<div> </div>
<div>Lum</div>
<div> </div>