Hello everyone,<br>   I had written earlier today about my concern involving grompp. I am trying to minimize the energy of a pure water system using grompp: grompp -f waters.mdp -c waters_b.gro -p water.top -o watersinput.tpr<br>
and part of the output on the terminal is as follows:<br><br>      Analysing residue names:<br>      Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top<span style="background-color: rgb(204, 255, 255);">/aminoacids.dat</span><br>
      There are:  2000      OTHER residues<br>      There are:     0    PROTEIN residues<br>      There are:     0        DNA residues<br><br>      NOTE 1 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>      The optimal PME mesh load for <span style="background-color: rgb(204, 255, 255);">parallel simulations</span> is below 0.5<br>
      and for highly parallel simulations between 0.25 and 0.33,<br>      for higher performance, increase the cut-off and the PME grid spacing<br><br>The problem is I am not specifying any aminoacid file and I am not doing a parallel run, but the aminoacid.dat file is being opened and the program assumes that I am doing a parallel run. Is this the way it should be, and will this affect my run results? <br>
      Please help me out and be patient with me as I am still learning gromacs.<br>Thanks,<br>Lum<br><br><br>