
<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:tahoma,new york,times,serif;font-size:12pt;color:#000000;"><div>Hi all,<br><br>I've got a question regarding freezing algorithm in

GROMACS. I appreciate it if somebody explains this.<br><br>I think in GROMACS 3 for freeze option to work it was

generally suggested that all the interactions inside the frozen part

should be excluded (either in top or mdp files). However it seems that

freeze option works in GROMACS 4 without using any explicit kind of

energy exclusions. I am curious to know that if the freezing algorithm

has been changed in version 4 to work without exclusions or at the

other hand it automatically excludes the interactions in the frozen

part.<br><br>Thanks in advance,<br>Reza Salari</div></div></body></html>