Justin A. Lemkul wrote:<br><br><blockquote style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;" class="gmail_quote">; Berendsen temperature coupling is on in three groups<br>Tcoupl              =  berendsen<br>
<br>tau_t = 0.1 0.1 0.1 tc-grps = protein sol NA+<br><br>ref_t               =  300      300     300<br><br>Never couple solvent and ions separately. Surely grompp warned you that you should be using &quot;Protein Non-Protein&quot;? See here:<br>
<br><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Thermostats</a><br><br></blockquote><div><br>Hi Justin, thanks for the suggestion. Actually, it&#39;s an error I&#39;ve always been doing and I&#39;m glad I&#39;ve solved it.<br>
However, I&#39;m afraid it has nothing to do with the problem, because I just tried to run the MD again (after modifying the md.mdp as you told me) and the fatal error is still there.<br>I&#39;ve noticed the the T-coupling mistake is also in pr.mdp. Do you think that correcting it and re-running the PR simulation would fix the &quot;water molecule can not be settled&quot; problem?<br>
Anyway here is the pr.mdp (as it was before):<br><br>title               =  hsacyx <br>warnings            =  10<br>cpp                 =  /lib/cpp <br>define              =  -DPOSRES<br>constraints         =  all-bonds<br>
integrator          =  md<br>dt                  =  0.002    ; ps !<br>nsteps              =  100000    ; total 200.0 ps.<br>nstcomm             =  1<br>nstxout             =  250<br>nstvout             =  1000<br>nstfout             =  0<br>
nstlog              =  10<br>nstenergy           =  10<br>nstlist             =  10 <br>ns_type             =  grid<br>rlist               =  0.9<br>coulombtype        =  PME<br>rcoulomb            =  0.9<br>rvdw                =  0.9<br>
fourierspacing        =  0.12<br>fourier_nx        =  0<br>fourier_ny        =  0<br>fourier_nz        =  0<br>pme_order        =  6<br>ewald_rtol        =  1e-5<br>optimize_fft        =  yes<br>; Berendsen temperature coupling is on in four  groups<br>
Tcoupl              =  berendsen<br>tau_t               =  0.1     0.1    0.1<br>tc-grps            =  Protein     SOL    NA+<br>ref_t               =  300     300    300<br>; Pressure coupling is on<br>Pcoupl              =  berendsen<br>
pcoupltype          =  isotropic<br>tau_p               =  0.5<br>compressibility     =  4.5e-5<br>ref_p               =  1.0<br>; Generate velocites is on at 300 K.<br>gen_vel             =  yes<br>gen_temp            =  300.0<br>
gen_seed            =  173529<br></div><br>Thank you<br><br>Simone Cirri<br>