&nbsp;Hi all,<br><br>I carried out a MD simulation using the MARTINI CG force field and I had some<br>problems.&nbsp; The simulation stops immediately, reporting a segmentation fault:<br><br>**********************************************+<br>Making 1D domain decomposition 2 x 1 x 1<br>starting mdrun 'FIB'<br>200000 steps,&nbsp;&nbsp; 6000.0 ps.<br>step 0<br>[beta:06822] *** Process received signal ***<br>[beta:06822] Signal: Segmentation fault (11)<br>[beta:06822] Signal code: Address not mapped (1)<br>[beta:06822] Failing at address: 0x34321d0<br>[beta:06822] [ 0] /lib/libpthread.so.0 [0x7f7e49b38a80]<br>[beta:06822] [ 1] mdrun_mpi [0x66549a]<br>[beta:06822] *** End of error message ***<br>mpirun noticed that job rank 0 with PID 6822 on node beta exited on signal 11 (Segmentation fault).<br>1 process killed (possibly by Open MPI)<br>**************************************************<br><br>I have no WARNINGs in the output of the simulation.<br>However, before, when running grommp I received 1 warning and 1 note:<br><br>********************************************************<br>WARNING 1 [file aminoacids.dat, line 1]:<br>&nbsp; For proper thermostat integration tau_t (0.1) should be more than an<br>&nbsp; order of magnitude larger than delta_t (0.03)<br>********************************************************<br>and<br>********************************************************<br>NOTE 1 [file ny6.mdp, line unknown]:<br>&nbsp; The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>&nbsp; distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.<br>********************************************************<br><br>I used a time step of 0.03 ps and a tau_t of 0.1 (suggested by the authors of MARTINI ff even when using a <br>delta_t=0.04 ps). In any case, modifying the tau_t and avoiding the WARNING does not solve<br>the problem.<br><br>The simulation starts and ends correctly if I use a delta_t=0.01 ps.&nbsp; However,<br>this time step is not recommended for use with MARTINI ff because the range of<br>time steps used for parametrization is 20-40 fs.<br>Does anyone have any suggestion to solve the problem?<br><br>Many thanks,<br><br>AM<br><br>