<div dir="ltr"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 22, 2009 at 05:17, Enemark Soeren <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:chees@nus.edu.sg">chees@nus.edu.sg</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">









<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US">

<div>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">Ahh, now I understand - sorry, Omer!</span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"></span></p></div></div></blockquote><div>No problem, glad to help.<br> </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">In fact, I have compared all three single hydrogen RDFs and they
are identical and also relatively smooth. Since, however, with 3 times more
data points (all three hydrogen atoms taken together) I get a different RDF, would
that indicate that I do not have enough data after all? </span></p></div></div></blockquote><div>See my previous answers for some checks you can do on the convergence.<br>You have to look at your data and decide if the differences are acceptable by you. I could suggest, for example, RMSD between curves, focusing just on the first peak.<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">Are RDFs known to be slow to converge?</span></p></div></div></blockquote><div>A wild answer would be no, but thats basically depends on the size of your bin. A bin of 0.5 Angstroms would mean in each bin you&#39;ll probably have &quot;enough&quot; molecules for the data of this bin to converge, but than the curve itself wouldn&#39;t look smooth (even if it is converged). A bin size of 0.1 is often used.<br>
<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div><p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">I have about 1000 water
molecules and about 50+ glycine molecules, simulated for 10ns with 1ps sampling
intervals. That should give me 500,000,000 data points for the distribution,
right? Can I compare this number with the literature in which RDFs for, say,
water-water interactions are reported?</span></p></div></div></blockquote><div>With 50 glycines you basically average 50 curves together, but the number of water molecules does not effect the statistics of the glycine RDF. The number of waters does mean that you most likely have a large enough system.<br>
As for water-water RDF, I think you should have more then enough data here. Just make sure when comparing to similar variables with the literature (potential, temperature, binning...). I would also worry about calculating my water-water RDF for a water which is close to glycine if I wanted to compare bulk water.<br>
 </div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div link="blue" vlink="purple" lang="EN-US"><div>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);"> </span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size: 11pt; color: rgb(31, 73, 125);">One important point, which was not really clear to me before was
if, provided that I have enough data, the RDFs should be identical no matter
whether I use 1, 2, or 3 hydrogen atoms for generating the RDF. As far as I
understood, both yours and Omer’s responses indicate that the RDFs should
be identical. Did I get that correctly?</span></p></div></div></blockquote><div>From the top of my head I would say yes, you are correct. I recommend you look at some trajectory snapshots to make sure that indeed all 3 hydrogens have similar neighboring.<br>
<br>Cheers, Omer. <br></div></div></div>